针对您提出的“串通投标代做投标预算机构怎么处罚”的问题，以下是我根据相关法律法规为您提供的详细解答：
首先，串通投标是违反《中华人民共和国招标投标法》的行为，该法明确规定了对于串通投标的处罚措施。对于投标人相互串通投标或者与招标人串通投标的情况，一旦查实，将面临以下处罚：
中标无效：首先，串通投标导致的中标将被视为无效，这意味着即使通过不正当手段获得了中标资格，该资格也将被剥夺。
罚款：投标人将被处中标项目金额千分之五以上千分之十以下的罚款。同时，对于单位直接负责的主管人员和其他直接责任人员，还将处单位罚款数额百分之五以上百分之十以下的罚款。如果投标人有违法所得，还将被没收违法所得。
取消投标资格：情节严重的，投标人将被取消一年至二年内参加依法必须进行招标的项目的投标资格，并予以公告。这意味着在规定的期限内，该投标人将无法参与任何依法必须进行招标的项目。
吊销营业执照：对于情况特别严重的，工商行政管理机关将吊销投标人的营业执照，这意味着该投标人将失去继续从事相关业务的资格。
刑事责任：如果串通投标的行为构成了犯罪，那么还将依法追究刑事责任。根据《刑法》的相关规定，投标人可能会面临三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金的刑事处罚。
此外，对于代做投标预算的机构，如果其参与了串通投标的行为，也将面临相应的处罚。这包括但不限于罚款、取消业务资格、吊销营业执照等。同时，如果代做投标预算的机构的行为构成了犯罪，也将依法追究其刑事责任。
综上所述，串通投标和代做投标预算的机构如果参与了此类行为，将面临严重的法律后果。因此，建议所有参与招标投标活动的单位和个人严格遵守相关法律法规，确保招标投标活动的公平、公正和透明。