结论：诈骗3000元但退回1000元，仍然可以立案。在我国，诈骗行为的立案主要依据的是诈骗行为发生时的涉案金额，而非事后退赃的情况。只要诈骗行为实施时涉案金额达到或超过当地规定的“数额较大”标准（通常为三千元至一万元），就符合诈骗罪的立案条件。

详细分析：

1. 立案标准与金额：

   • 根据我国相关法律规定，诈骗公私财物价值三千元至一万元以上通常被视为“数额较大”，并达到刑事立案标准。这一标准可能因地区差异而略有不同，但3000元在多数地区已经达到或接近这一标准。
   • 即便事后对方退还了部分款项，如1000元，这并不影响案件的立案侦查和追究犯罪嫌疑人的刑事责任。退赃虽然可以作为后续量刑时从轻处罚的情节予以考虑，但并非立案的考量因素。

2. 退赃与立案的关系：

   • 公安机关在决定是否立案时，主要关注的是犯罪行为发生时所涉及的金额。退赃是犯罪后的行为，它反映了犯罪嫌疑人的悔罪态度，但并不改变犯罪行为已经发生且涉案金额达到立案标准的事实。

3. 其他立案考量因素：

   • 除了金额外，警方在决定是否立案时还会综合考虑其他多种因素，如诈骗手段、诈骗情节、社会影响等。然而，这些因素通常是在金额达到立案标准的基础上进行考量的，它们不会改变基于金额的立案决策。

4. 报案建议：

   • 鉴于你的涉案金额已达到或可能接近诈骗罪的立案标准，我建议你尽快向当地公安机关报案，并提供尽可能详尽的证据材料，如聊天记录、转账记录、对方身份信息等。这将有助于警方更快地进行调查，并依法作出是否立案的决定。
   • 在报案时，你可以向警方说明对方已经退还了部分款项的情况，但这并不影响立案的决策。警方会根据诈骗行为发生时的涉案金额和其他相关因素来综合判断是否立案。

5. 法律后果：

   • 如果案件被立案并最终认定犯罪嫌疑人构成诈骗罪，那么犯罪嫌疑人将面临刑事处罚，包括有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金。
   • 退赃作为悔罪表现，可以在量刑时作为从轻处罚的情节予以考虑。但这并不意味着退赃可以免除刑事责任，只是可能在一定程度上减轻处罚。

行动指南：

• 立即报案：无论诈骗金额大小，都应第一时间向当地公安机关报案，提供尽可能详细的证据和信息。
• 保留证据：妥善保存所有与诈骗相关的证据，如聊天记录、转账记录、诈骗者信息等，以便后续调查使用。
• 持续跟进：在报案后，保持与警方的沟通，及时了解案件进展，并根据需要提供进一步的协助。

如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。