若拆迁协议中明确在公租房上为特定主体设立了居住权，该居住权条款原则上具有法律效力，但需结合公租房性质、设立程序合法性等因素综合判断其实际效力及后续处理方式。具体分析如下：

1. 居住权条款的效力认定
   根据《民法典》第三百六十六条，居住权人有权按照合同约定，对他人的住宅享有占有、使用的用益物权。若拆迁协议中明确为特定主体（如原公租房承租人、共同居住人等）设立居住权，且符合以下条件，则该条款具有法律效力：

   • 主体适格：设立人需为公租房的合法权利人（如拆迁补偿主体），居住权人需为自然人；
     
   • 内容合法：居住权期限、条件等不违反法律强制性规定（如不得约定永久居住权）；
     
   • 形式合规：需以书面形式订立居住权合同，并办理居住权登记（若涉及不动产转移）。
     例外情形：若公租房性质为政策性保障住房（如仅限承租人居住），擅自为他人设立居住权可能因违反政策规定而被认定无效。

2. 公租房性质对居住权的影响

   • 若公租房为承租人基于政策租住：居住权设立需经公租房管理部门同意，否则可能因违反《公共租赁住房管理办法》中“不得转借、转租”等规定而被撤销；
     
   • 若公租房已通过拆迁补偿转化为产权房：居住权设立需符合《民法典》关于用益物权的规定，且不得损害其他共有权人利益（如其他补偿安置对象）。

3. 后续处理建议

   • 确认居住权登记情况：若已办理居住权登记，居住权人可依法主张权利，拆迁补偿主体需履行协议义务；
     
   • 协商变更或解除：若居住权设立存在瑕疵（如未登记、违反政策），可与拆迁方协商修改协议或通过补偿方式解除居住权；
     
   • 诉讼救济：若协商无果，居住权人或拆迁方均可向法院提起诉讼，请求确认条款效力或解除合同，法院将综合公租房性质、政策规定、当事人过错等因素判决。

行动建议：

1. 核查拆迁协议中居住权条款的具体内容（如权利人、期限、是否登记）；
   
2. 确认公租房当前性质（是否仍为政策性住房或已转化为产权房）；
   
3. 携带协议文本、公租房权属证明等材料，进一步向我咨询具体维权方案。