公司企业和农民签订的集体土地上的房屋动迁安置协议，在符合法定条件的情况下是有效的。以下从多个角度对此问题进行分析：
一、协议有效的法定条件
主体适格：
- 公司企业作为拆迁方，应当具备相应的拆迁资质和合法身份。
- 农民作为被拆迁方，应当是房屋的合法所有权人或使用权人，且具备完全民事行为能力。
意思表示真实：
- 双方签订协议时，应当是基于自愿、平等、公平的原则，意思表示真实，不存在欺诈、胁迫等情形。
内容合法：
- 协议内容应当符合法律法规的规定，包括拆迁补偿标准、安置方式、搬迁期限等条款均应合法合规。
- 特别需要注意的是，集体土地上的房屋拆迁，应当遵循《土地管理法》、《城乡规划法》等相关法律法规的规定，确保拆迁行为的合法性。
程序合法：
- 拆迁行为应当依法进行，包括取得拆迁许可证、发布拆迁公告、进行拆迁评估等程序均应合法合规。
- 双方签订协议时，应当遵循法定的程序要求，如签订前应当进行充分的协商、达成一致意见后应当签订书面协议等。
二、可能影响协议效力的情形
无权处分：
- 如果公司企业未经授权或超越权限进行拆迁，或者农民不是房屋的合法所有权人或使用权人，则可能构成无权处分，影响协议的效力。
违反法律法规的强制性规定：
- 如果协议内容违反法律法规的强制性规定，如拆迁补偿标准低于法定标准、安置方式不符合法律法规要求等，则协议可能被认定为无效。
恶意串通损害国家、集体或第三人利益：
- 如果双方签订协议时存在恶意串通，损害国家、集体或第三人利益的情形，则协议可能被认定为无效。
三、法律建议
签订前充分协商：
- 双方在签订协议前，应当进行充分的协商，就拆迁补偿标准、安置方式、搬迁期限等条款达成一致意见。
审查对方资质和身份：
- 农民在签订协议前，应当审查公司企业的拆迁资质和合法身份，确保对方具备拆迁资格。
- 公司企业也应当审查农民的身份和房屋权属情况，确保对方是房屋的合法所有权人或使用权人。
遵循法定程序：
- 双方在签订协议时，应当遵循法定的程序要求，如签订书面协议、进行公证等，以确保协议的合法性和有效性。
及时咨询专业律师：
- 如果在签订协议过程中遇到任何疑问或纠纷，建议及时咨询专业律师，以获取专业的法律意见和帮助。
总结来说，公司企业和农民签订的集体土地上的房屋动迁安置协议，在符合法定条件的情况下是有效的。双方在签订协议前应当进行充分的协商、审查对方资质和身份、遵循法定程序，并在遇到疑问或纠纷时及时咨询专业律师。