加班迟到扣工资是否合法，主要取决于企业规章制度的制定程序是否合法、扣工资额度是否合理，以及是否存在特殊情况等因素。以下是对这一问题的详细分析：

合法条件

1. 规章制度合法有效：

   • 企业必须依法制定规章制度，明确将迟到列为违纪行为，并规定合理的扣薪标准。规章制度的制定需经过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并进行公示或告知劳动者。若规章制度未经法定程序制定或未向员工公示，则对劳动者不具有法律约束力。
   • 法律依据：《中华人民共和国劳动法》第四条规定，用人单位应当依法建立和完善规章制度，保障劳动者享有劳动权利和履行劳动义务。

2. 扣薪标准合理：

   • 扣罚的金额不能过高，应确保扣除后的工资不低于当地最低工资标准。根据《工资支付暂行规定》，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
   • 举例：若员工当月工资为5000元，因迟到给公司造成了一定损失，但损失金额不大，公司每月最多只能扣除1000元（即5000元的20%），且扣除后员工工资不得低于当地最低工资标准。

3. 无合理免责事由：

   • 员工无故迟到，且不存在不可抗力等合理免责事由时，用人单位方可在合理范围内扣工资。
   • 举例：员工因个人原因（如睡过头、忘记时间等）迟到，且没有提前向公司请假或说明情况，公司可以在合理范围内扣工资。

不合法情况

1. 规章制度不合法：

   • 规章制度制定程序不合法，如未与职工协商、未公示等。
   • 规章制度内容违法，如扣薪标准过高，损害劳动者基本权益。

2. 扣薪标准不合理：

   • 扣罚金额过高，导致员工工资低于当地最低工资标准。
   • 扣除比例明显不合理，超出法定限制。

3. 存在合理免责事由：

   • 员工因不可抗力（如自然灾害、交通堵塞等）或其他合理原因导致迟到，用人单位仍扣工资则属于不合法行为。
   • 举例：员工因突发疾病需要紧急就医而迟到，且提供了相关证明，公司不应扣工资。

劳动者权益保护

• 若劳动者认为用人单位迟到扣工资的行为不合法，首先应与用人单位进行沟通协商，要求其纠正错误做法。
• 协商不成时，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

实际操作建议

1. 完善规章制度：企业应制定完善的规章制度，明确工作时间、迟到扣罚措施等内容，并确保规章制度的制定程序合法、内容合理。
2. 公示与告知：规章制度制定后，应及时向员工公示或告知，确保员工了解并同意相关规定，避免因此产生纠纷。
3. 合理执行：在执行迟到扣工资时，企业应遵循公平、公正的原则，根据迟到情况合理扣款，避免过度处罚影响员工的工作积极性和满意度。

综上所述，加班迟到扣工资的合法性需综合考虑规章制度、扣薪标准及特殊情况等多个因素。企业在制定和执行相关规章制度时，应严格遵守法律法规的要求，确保劳动者的合法权益得到充分保障。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。