结论：朋友之间5000万赠与款到账后，仍可进行公证，但需结合赠与合同签订时间、款项性质、公证目的综合判断操作要点及法律风险。以下从不同角度展开分析：
一、公证的可行性：到账后仍可补办公证，但需满足形式要件
根据《公证法》第11条，公证机构可办理“赠与”相关公证事项。即使款项已到账，双方仍可就赠与行为补办公证，但需注意：
- 赠与合同需已成立：若赠与合同在转账前已签订（书面或口头），公证时可提交合同文本、转账记录等证明赠与合意；若未签订合同，需在公证时补充签订赠与协议，明确赠与金额、用途、是否附条件（如赡养义务）等核心条款。
- 公证内容需与事实一致：公证机构会核实赠与双方身份、赠与意思表示真实性、款项性质（是否为赠与而非借款或其他法律关系）。若转账时备注为“借款”或存在其他矛盾证据，可能影响公证效力。
二、公证的核心作用：固定证据、防范风险，但无法逆转已完成的法律行为
- 证据效力强化：公证文书具有最高证据效力（《民事诉讼法》第72条），可证明赠与合意的真实性，避免未来因“是否为赠与”产生争议（如受赠方主张为借款，赠与方主张为附条件赠与）。
- 防范税务风险：大额赠与可能涉及个人所得税（如受赠方需缴纳20%偶然所得税，但直系亲属间赠与房产等特定情形可免税）。公证可明确赠与性质，为税务申报提供依据。
- 无法改变已完成的财产转移：款项到账即完成物权变动（《民法典》第224条），公证无法撤销已完成的赠与，但若赠与合同附条件（如受赠方需履行赡养义务），未来可通过诉讼主张撤销赠与。
三、操作建议：结合赠与目的选择公证时机与内容
- 若赠与已完成且无争议：可补办公证以固定证据，公证内容建议包括：
- 赠与双方身份信息；
- 赠与金额、转账时间及账户信息；
- 明确“无偿赠与，不附任何条件”（或列明具体条件）；
- 双方签字确认。
- 若赠与存在潜在风险（如受赠方可能不履行义务）：
- 优先在转账前签订书面赠与合同并公证，明确附条件赠与条款；
- 若已转账，可补充签订《赠与合同补充协议》并公证，约定撤销条件（如受赠方虐待赠与人、未履行赡养义务等）。
- 税务合规建议：大额赠与建议提前咨询税务机关，明确是否需缴纳个人所得税，并在公证文书中注明“赠与方自愿承担全部税费”或“受赠方自行申报纳税”，避免后续纠纷。
总结：5000万赠与款到账后仍可公证，但需确保赠与合同真实、内容无矛盾，并结合赠与目的设计公证条款。若涉及复杂情况（如附条件赠与、税务筹划），建议携带转账记录、赠与合同等材料，与我进一步沟通具体方案。