结论前置：一般情况下，村上不能随意扣留农田流转金，但在符合特定法定情形且履行相应程序时，可能存在合法扣留的情况。以下为你详细分析：

村上无权随意扣留的情况

农田流转金本质上是承包方流转其农村土地承包经营权所获得的收益，根据《中华人民共和国农村土地承包法》等相关法律规定，土地承包经营权流转的收益归承包方所有，任何组织和个人不得擅自截留、扣缴。村上作为基层群众性自治组织，并非农田流转金的合法所有权人，在没有合法依据的情况下，无权对农田流转金进行扣留。

例如，村民甲将其承包的农田流转给乙，双方签订了合法有效的流转合同，约定了流转金的数额和支付方式。在这种情况下，村上不能因为自身的一些利益诉求，如想要用于村里的其他建设项目等，就擅自扣留甲应得的农田流转金。这种行为侵犯了甲的财产权益，甲有权要求村上返还被扣留的流转金，若村上拒绝返还，甲还可以通过向农村土地承包仲裁机构申请仲裁，或者直接向人民法院提起诉讼等法律途径来维护自己的合法权益。

村上可能合法扣留的情况

1. 存在法定扣留事由：如果承包方存在违反法律法规、合同约定或者村规民约等行为，且该行为给村集体造成了损失，村上在有充分证据证明的情况下，可能可以按照法定程序扣留部分或全部农田流转金以弥补损失。但这种扣留必须严格依据法律规定和合同约定进行，不能随意扩大扣留范围或提高扣留比例。
   • 比如，承包方在流转农田后，违反了关于土地用途的约定，将农田用于非农业建设，导致土地受到严重破坏，给村集体造成了经济损失。村上在经过合法的调查、取证程序，并按照相关法律法规和村规民约的规定，经过一定的民主决策程序后，可以扣留承包方部分农田流转金用于修复土地或弥补损失。
2. 履行了法定程序：即使存在合法的扣留事由，村上也不能自行决定扣留农田流转金，而需要履行相应的法定程序。一般来说，需要经过村民会议或者村民代表会议的讨论和决定，确保扣留行为符合大多数村民的意愿和利益。同时，扣留的金额、期限等事项也应当明确并公示，接受村民的监督。
   • 例如，村上发现承包方有上述违规行为后，召开了村民代表会议，对是否扣留农田流转金以及扣留的具体金额和期限等事项进行了讨论和表决。经过合法的民主程序通过后，村上才可以按照决定的内容扣留相应的农田流转金。

建议：如果村上扣留了农田流转金，承包方可以先与村上进行沟通协商，了解扣留的原因和依据。如果认为村上的扣留行为不合法，可以收集相关证据，如流转合同、村上扣留流转金的通知等，向当地的农村土地承包管理部门反映情况，寻求帮助和调解。若调解无果，还可以通过法律途径解决纠纷。如果你有进一步的疑问或需要更具体的法律帮助，可以直接向我咨询。