营运车辆装载货物高出车顶，将面临交通管理部门的处罚，具体处罚措施需根据超限程度及是否造成安全隐患等因素综合判定。以下从不同角度详细说明：
超限运输的行政处罚
根据《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》第五十四条，机动车载物不得超过机动车行驶证上核定的载质量，装载长度、宽度不得超出车厢。若货物高出车顶，属于“长度、高度超出车厢”的违法行为，交通管理部门可依据《道路交通安全法》第九十条，处以警告或20元以上200元以下罚款，并责令当场整改（如卸载超限部分）。若拒绝整改或强行通行，可能被扣留车辆至违法状态消除。
超限运输的动态监管处罚
若营运车辆为公路货运车辆（如货车、挂车），还需遵守《公路安全保护条例》第三十三条。若货物高度从地面算起超过4米（集装箱车为4.2米），属于“超限运输”，需提前向交通主管部门申请超限运输许可。未申请的，交通主管部门可依据《公路安全保护条例》第六十四条，处以3万元以下罚款，并责令停止违法行为。
安全隐患引发的加重处罚
若货物高出车顶导致遮挡号牌、影响驾驶视线，或存在散落风险（如未固定牢固），可能同时违反《道路交通安全法》第十一条（遮挡号牌罚200元记12分）、第二十二条（妨碍安全驾驶罚20-200元记2分）等条款。此时处罚将叠加，且可能因“存在重大事故隐患”被暂扣车辆或吊销营运资格。
建议：营运车辆装载货物时，应严格核对行驶证核定的载质量及尺寸参数，使用符合标准的篷布、绳索固定货物，避免超高、超长。若需运输不可拆解的大型物件，务必提前申请超限运输许可。如有具体案件细节（如超限高度、是否造成事故等），可进一步向我咨询，我会结合地方性法规提供更精准的解答。