核心结论：逾期后二次分期是否包含违约金，需根据具体合同条款、协商结果及金融机构政策综合判断，以下分情况说明：

1. 合同明确约定违约金条款
   若原借款合同或二次分期协议中明确约定“逾期需支付违约金”，且二次分期未豁免该条款，则违约金可能被纳入分期还款计划。例如：

   • 协议中写明“剩余本金+违约金分12期偿还”；
     
   • 违约金以固定金额或逾期本金比例（如每日0.05%）计算，并计入分期总额。
     法律依据：根据《民法典》第585条，当事人可约定违约金，但需以实际损失为限，过高部分可请求法院调整。

2. 协商中豁免违约金
   若金融机构在二次分期协商中同意减免违约金，或仅对剩余本金分期，则违约金可能被排除。例如：

   • 协议明确“仅对未还本金10万元分24期，违约金不再计收”；
     
   • 金融机构为降低不良率，主动放弃违约金诉求。
     操作建议：务必要求金融机构出具书面协议，明确“违约金已清零”或“不再主张”，避免口头承诺风险。

3. 违约金转化为其他费用
   部分金融机构可能将违约金包装为“分期手续费”“服务费”等，实质仍为逾期成本。例如：

   • 协议约定“分期手续费率为每月1.5%”，总费用远超原违约金金额；
     
   • 以“罚息”名义收取，但计算方式与违约金一致。
     风险提示：需仔细核对费用名称及计算方式，若总成本显著高于法定利率上限（当前为LPR4倍），可主张部分无效。

行动建议：

1. 审查协议文本：重点查看“费用条款”“违约责任”部分，确认违约金是否被纳入分期范围；
   
2. 要求书面确认：若口头协商减免违约金，务必补充书面协议，避免后续争议；
   
3. 计算综合成本：将分期手续费、利息、违约金等全部费用折算为年化利率，若超过15.4%（当前LPR4倍），可要求调整；
   
4. 保留证据：保存原合同、二次分期协议、沟通记录等，以备维权使用。
   

如有具体协议文本或协商细节，可进一步提供，我会帮你分析条款合法性及风险点。