在刑事案件判决没收个人全部财产，但房屋上存在抵押权的情况下，处理方式需结合法律规定与实际情况综合判断，具体如下：

1. 抵押权优先性原则
   根据《民法典》第386条，抵押权人对抵押物享有优先受偿权。即使房屋被判决没收，抵押权人的债权仍优先于国家没收程序受偿。例如，若房屋评估价值为500万元，抵押债权为300万元，则抵押权人可优先获得300万元，剩余200万元上缴国库。

2. 执行程序中的具体操作

   • 拍卖变现：法院会委托评估机构对房屋进行价值评估，并通过拍卖、变卖等方式处置房产。
     
   • 清偿顺序：拍卖所得款项需按以下顺序分配：
     
     1. 支付拍卖费用、执行费用等必要开支；
        
     2. 偿还抵押权人的债权本金及利息；
        
     3. 剩余部分上缴国库。
        
   • 抵押权不足清偿：若房屋价值不足以覆盖抵押债权（如房屋价值300万元，抵押债权400万元），抵押权人仅能就房屋变现部分受偿，剩余债权转为普通债权，可能无法通过没收程序追偿。

3. 特殊情形处理

   • 抵押权人同意放弃优先权：若抵押权人书面同意放弃优先受偿权，房屋可全额上缴国库，但此情形极为罕见。
     
   • 抵押权无效或存在瑕疵：若抵押权设立程序违法（如未办理抵押登记），法院可能认定抵押权无效，房屋直接没收上缴国库。但抵押权人可通过另行起诉债务人主张权利。
     
   • 唯一住房的例外：若房屋是被执行人及其扶养家属的唯一居住用房，法院可能暂缓拍卖，但刑事没收程序中此例外适用较严格，需结合具体案情判断。

建议：若您或相关方涉及此类情形，需尽快委托律师介入，重点审查抵押权设立的合法性、房屋价值评估的合理性，以及执行程序是否合规，以最大限度维护合法权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作方案。