结论：合同是否具备法律效应，关键在于合同的具体内容、签订双方的真实意图以及是否满足法律规定的合同生效要件，而不仅仅是看款项支付给了哪家公司。以下从不同角度为您详细分析：
合同主体与实际履行方不一致的情况：
- 在商业实践中，有时会出现合同签订方与实际履行方不一致的情况。这并不意味着合同无效，关键在于合同双方是否对此有明确约定，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定。
- 如果合同中明确约定了款项支付给第三方（即您提到的“另一家公司”），且该约定是双方真实意思的表示，那么合同仍然是有效的。此时，款项支付给哪家公司，是按照合同约定履行的行为，不影响合同的法律效力。
合同生效的要件：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同生效需要满足以下要件：行为人具有相应的民事行为能力；意思表示真实；不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
- 如果合同满足上述要件，即使款项支付给了与合同签订方不同的公司，合同仍然是有效的。因为合同的法律效力主要取决于合同本身的内容和签订双方的真实意图，而不是款项的支付对象。
可能存在的风险与防范：
- 如果合同中没有明确约定款项支付给第三方，而实际履行中却支付给了另一家公司，这可能会引发纠纷。此时，需要考察双方的实际交易习惯、沟通记录等证据，以确定双方的真实意图。
- 为了避免此类纠纷，建议在签订合同时明确约定款项的支付方式、支付对象等关键条款。如果确实需要支付给第三方，应在合同中明确说明，并确保该约定是双方真实意思的表示。
实际操作建议：
- 如果您是合同的一方，且发现款项支付给了与合同签订方不同的公司，首先应查看合同中的相关条款，确认是否有明确约定。
- 如果没有明确约定，应及时与对方沟通，了解款项支付的原因和背景，并保留好相关沟通记录作为证据。
- 如果双方无法达成一致，或者您认为对方的支付行为违反了合同约定或法律规定，可以考虑通过法律途径解决纠纷。
总结与建议：合同是否具备法律效应，不能仅凭款项支付给了哪家公司来判断。关键在于合同的具体内容、签订双方的真实意图以及是否满足法律规定的合同生效要件。如果您对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见。