结论：保密协议不建议只签一份，从法律实践和风险防范的角度来看，双方各持一份保密协议是更为稳妥和推荐的做法。

详细分析：

1. 法律效力的保障：

   • 保密协议的法律效力并不直接取决于其份数，而是依赖于协议内容是否合法、双方意思表示是否真实以及签订过程是否存在瑕疵。然而，从实际操作和证据留存的角度来看，双方各持一份协议能够更有效地保障协议的法律效力。在发生争议时，双方都能提供原始的协议文本作为证据，有助于法院或仲裁机构更准确地判断事实，维护双方合法权益。

2. 双方权益的平衡：

   • 保密协议旨在保护披露方的商业秘密和敏感信息，但同时也应兼顾接收方的合法权益。双方各持一份协议，可以确保接收方随时查阅并清楚知晓自身的权利义务，特别是保密范围、保密期限及违约责任等关键条款。这有助于避免因信息不对称或误解而导致的违约风险，促进双方合作的顺利进行。

3. 风险防范与纠纷解决：

   • 在商业合作中，风险防范和纠纷解决是至关重要的。双方各持一份保密协议，可以在合作过程中随时核对协议内容，确保双方对协议的理解和执行保持一致。一旦发生纠纷，双方都能依据手中的协议文本进行协商或诉讼，有助于纠纷的快速解决和损失的最小化。

4. 实际操作中的建议：

   • 在签订保密协议时，除了确保协议内容的合法性和合理性外，还应注重协议的份数和保管。建议双方各持一份协议文本，并妥善保管以备不时之需。同时，可以在协议中明确约定协议的份数、保管方式以及争议解决方式等条款，以进一步降低合作风险。

举例说明：

假设A公司与B公司签订了一份保密协议，约定A公司向B公司披露某些商业秘密，B公司承担保密义务。如果协议只签一份并由A公司保管，那么在合作过程中或发生争议时，B公司可能无法及时查阅协议内容或提供证据证明自己的权益。相反，如果双方各持一份协议文本，那么B公司可以随时查阅并依据协议内容维护自己的合法权益。

总结与建议：

保密协议是保护商业秘密和敏感信息的重要法律工具。在实际操作中，为了保障双方权益、降低合作风险并促进纠纷的顺利解决，我建议双方各持一份保密协议文本。同时，在签订协议前应仔细审查协议内容并确保其合法性和合理性。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。