结论：在涉及5000元涉诈款项，但银行流水中有实际经营流水的情况下，案件的处理会相对复杂，具体结果取决于实际经营流水与涉诈款项的区分情况、证据的充分性以及司法机关的认定。以下从几个关键角度进行分析：

1. 实际经营流水与涉诈款项的区分：

   • 关键点：司法机关在处理此类案件时，会重点审查银行流水中的每一笔交易，以区分哪些是实际经营产生的合法收入或支出，哪些是涉诈款项。
   • 分析：如果能够提供充分的证据（如合同、发票、交易记录等）证明银行流水中的大部分或全部交易是实际经营产生的，且与涉诈款项无直接关联，那么这将有助于减轻或免除你的法律责任。反之，如果无法有效区分，或者涉诈款项与实际经营流水存在混同，那么可能会面临更严重的法律后果。

2. 证据的充分性：

   • 关键点：证据是司法机关认定事实的基础。在涉及金融诈骗的案件中，证据的充分性、真实性和关联性至关重要。
   • 分析：你需要积极收集并整理所有与实际经营相关的证据，包括但不限于合同、发票、交易记录、银行对账单等。这些证据需要能够清晰地证明你的经营行为是合法的，且与涉诈款项无关。如果证据不足或存在瑕疵，可能会影响司法机关的认定，从而对你产生不利后果。

3. 司法机关的认定：

   • 关键点：最终的处理结果取决于司法机关对案件事实的认定和法律的适用。
   • 分析：司法机关会根据你提供的证据、涉诈款项的金额、性质以及你的主观故意等因素进行综合判断。如果认定你构成金融诈骗罪，那么将根据《刑法》的相关规定进行处罚。但如果你能够证明自己没有主观故意，或者涉诈款项与实际经营流水可以清晰区分，且金额较小，那么可能会面临较轻的处罚或免于处罚。

4. 可能的法律后果：

   • 如果构成犯罪：根据《刑法》第一百九十二条的规定，以非法占有为目的，使用诈骗方法非法集资，数额较大的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金；数额巨大或者有其他严重情节的，处七年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金或者没收财产。但具体量刑还会考虑其他因素，如自首、立功、退赃等。
   • 如果不构成犯罪：如果司法机关认定你的行为不构成犯罪，或者情节显著轻微危害不大，不认为是犯罪，那么可能会免于刑事处罚。但仍然可能面临行政处罚或民事赔偿等责任。

建议：

• 立即收集并整理所有与实际经营相关的证据，以证明你的经营行为是合法的，且与涉诈款项无关。
• 咨询专业律师（即我本人，王少卿律师，专注于婚姻家庭、合同纠纷、刑事辩护领域），以便更准确地评估案件风险，并制定有效的辩护策略。
• 积极配合司法机关的调查和审查工作，如实陈述事实，提供证据，以争取最有利的处理结果。

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