生态保护红线内违法建设的处理主体主要是县级以上地方人民政府的自然资源主管部门和生态环境主管部门，具体处理方式需根据违法建设的性质和情节来确定。以下从不同角度进行详细分析：
一、处理主体
自然资源主管部门：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》及相关规定，自然资源主管部门负责土地资源的保护和合理利用，对违法占用土地进行建设的行为有权进行查处。
- 在生态保护红线内，如果违法建设涉及非法占用土地，自然资源主管部门将作为主要处理主体，负责调查、取证、处罚等工作。
生态环境主管部门：
- 生态环境主管部门负责生态环境的保护和监管，对违反生态环境保护法律法规的行为有权进行查处。
- 在生态保护红线内，如果违法建设对生态环境造成了破坏或影响，生态环境主管部门将介入处理，可能包括责令停止建设、恢复原状、罚款等措施。
二、处理方式
责令停止建设：
- 对于正在进行的违法建设，相关部门有权责令立即停止建设，以防止违法行为的继续扩大和造成更严重的后果。
限期拆除或恢复原状：
- 对于已经建成的违法建设，如果其对生态环境或土地资源造成了破坏，相关部门可以责令限期拆除或恢复原状，以消除违法状态。
罚款：
- 根据违法建设的性质和情节，相关部门可以对违法建设者处以罚款，以惩罚其违法行为并起到警示作用。
其他行政处罚或刑事责任：
- 在严重情况下，如果违法建设行为构成了犯罪，相关部门将依法移送司法机关追究刑事责任。
- 同时，根据相关法律法规，还可能对违法建设者采取其他行政处罚措施，如没收违法所得、吊销相关许可证等。
三、特殊情况下的处理
涉及多个部门的违法建设：
- 如果违法建设同时涉及多个部门的监管职责，如既非法占用土地又破坏生态环境，那么自然资源主管部门和生态环境主管部门将可能联合处理，共同制定处理方案并执行。
历史遗留问题：
- 对于生态保护红线内存在的历史遗留违法建设问题，相关部门将根据实际情况制定处理方案，可能包括逐步拆除、改造升级或保留并加强监管等措施。
四、法律建议
对于违法建设者：
- 应立即停止违法行为，并主动与相关部门沟通，了解处理方案和要求。
- 积极配合相关部门的调查和处理工作，争取从轻或减轻处罚。
对于相关部门：
- 应加强监管和执法力度，及时发现并处理生态保护红线内的违法建设行为。
- 加强与相关部门的沟通协调，形成合力共同打击违法建设行为。
对于公众：
- 应增强法律意识，不参与或支持违法建设行为。
- 积极举报发现的违法建设行为，共同维护生态保护红线的安全和稳定。
如有任何关于生态保护红线内违法建设处理的疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。