结论：老板通过有限公司将资金打入自己的个体公司，这一行为的合法性取决于多种因素，包括资金转移的目的、方式、是否符合公司章程和法律法规等。以下从不同角度进行分析：
一、合法性分析
符合公司章程和内部决策程序：
- 如果有限公司的章程或内部决策程序（如董事会决议、股东会决议）允许或未禁止此类资金转移，且该转移行为符合公司章程规定的程序和条件，那么从公司内部治理的角度来看，这一行为可能是合法的。
符合法律法规：
- 资金转移必须遵守国家相关的法律法规，包括但不限于公司法、税法、反洗钱法等。例如，资金转移不得用于非法目的，如逃税、洗钱等。
- 如果资金转移涉及关联交易，还需遵守关联交易的相关规定，确保交易价格公允、程序透明，避免损害公司和其他股东的利益。
不损害公司和其他股东利益：
- 资金转移不得损害有限公司的利益，包括但不限于影响公司的正常运营、偿债能力或股东权益等。
- 如果个体公司与有限公司之间存在关联关系，还需确保资金转移不会导致有限公司对个体公司的不当补贴或利益输送。
二、非法性分析
违反公司章程或内部决策程序：
- 如果有限公司的章程或内部决策程序明确禁止此类资金转移，或者转移行为未按照章程规定的程序和条件进行，那么这一行为可能是非法的。
违反法律法规：
- 如果资金转移违反了国家相关的法律法规，如用于非法目的、逃避税收监管等，那么这一行为肯定是非法的。
- 特别是如果涉及关联交易且未按照相关规定进行披露和审批，也可能构成违法。
损害公司和其他股东利益：
- 如果资金转移损害了有限公司的利益，如导致公司资金链断裂、影响公司偿债能力或股东权益等，那么这一行为也是非法的。
三、法律建议
审查公司章程和内部决策程序：
- 在进行资金转移前，应仔细审查有限公司的章程和内部决策程序，确保转移行为符合相关规定。
遵守法律法规：
- 确保资金转移行为符合国家相关的法律法规，特别是关于公司治理、税法、反洗钱等方面的规定。
保护公司和其他股东利益：
- 在进行资金转移时，应充分考虑有限公司的利益和其他股东的权益，避免损害公司利益或引发股东纠纷。
寻求专业法律意见：
- 由于资金转移涉及复杂的法律问题，建议在进行此类操作前咨询专业律师，以确保行为的合法性和合规性。
举例说明：假设有限公司A的老板想要将资金打入自己的个体公司B。如果A公司的章程允许此类资金转移，且转移行为符合公司章程规定的程序和条件，同时没有违反国家相关的法律法规，也没有损害A公司和其他股东的利益，那么这一行为可能是合法的。反之，如果A公司的章程禁止此类资金转移，或者转移行为违反了法律法规或损害了公司利益，那么这一行为就是非法的。
后续行动建议：如果您或您的公司面临类似情况，建议立即审查相关公司章程、内部决策程序以及法律法规，并咨询专业律师以获取具体的法律建议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。