纪委对事业单位工作人员旷工的处理需结合具体情节、后果及单位规章制度，通常分以下情况处理：

1. 初步核查与事实认定
   纪委首先会通过调查核实旷工事实，包括考勤记录、同事证言、请假手续等，确认是否存在无正当理由擅自离岗、逾期不归等行为。若旷工行为属实，将进一步评估情节轻重（如旷工天数、是否造成单位工作损失等）。

2. 依据党纪处分条例处理
   根据《中国共产党纪律处分条例》第一百三十三条，若旷工行为同时违反党的纪律（如党员身份），纪委可能给予警告、严重警告、撤销党内职务等处分。例如：

   • 旷工连续超过15天或一年内累计超过30天，可能构成“严重违反工作纪律”，给予撤销党内职务或留党察看处分；
     
   • 若旷工导致重大损失或恶劣影响，可能开除党籍。

3. 依据事业单位人事管理条例处理
   即使非党员，事业单位工作人员旷工也可能受《事业单位人事管理条例》第十五条约束。单位可依据内部规章制度（如考勤管理办法）给予警告、记过、降低岗位等级、撤职或开除处分。例如：

   • 旷工连续超过15个工作日，或一年内累计超过30个工作日，单位可解除聘用合同；
     
   • 若旷工期间存在索贿、滥用职权等违法行为，可能移送司法机关。

4. 处理程序的合规性要求
   纪委或单位在处理时需遵循法定程序：

   • 调查阶段应保障当事人陈述、申辩权；
     
   • 处分决定需经单位领导班子集体讨论，并书面通知本人；
     
   • 对处分不服的，可申请复核或提出申诉。

建议：若您或他人涉及此类情况，需尽快补交请假手续、说明合理理由（如突发疾病需提供医疗证明），或主动与单位沟通协商，以减轻处分后果。具体处理需结合单位规章制度和地方政策，如有疑问可直接向我咨询细节。