项目代建公司与总包方存在关联关系在法律上并非绝对禁止，但需满足一定条件并遵循相关法律规定，以确保项目的合法性和公正性。以下从不同角度对此问题进行分析：

一、关联关系的法律定义与监管原则

1. 法律定义：关联关系通常指的是公司之间存在控制、共同控制或重大影响的关系，这种关系可能源于股权、协议或其他安排。在建设工程领域，项目代建公司与总包方之间的关联关系可能涉及利益输送、不公平竞争等问题，因此受到法律的严格监管。

2. 监管原则：法律对关联关系的监管主要基于公平、公正和透明的原则。如果项目代建公司与总包方存在关联关系，且这种关系可能影响项目的公正性和合法性，那么这种关系就可能受到法律的限制或禁止。

二、关联关系可能带来的法律风险

1. 利益冲突：关联关系可能导致项目代建公司在选择总包方时存在利益冲突，从而损害其他潜在投标人的利益，破坏市场的公平竞争环境。

2. 合同效力问题：如果关联关系被认定为影响合同公正性的因素，那么相关合同可能面临被宣告无效或撤销的风险。

3. 行政处罚与刑事责任：在严重情况下，项目代建公司和总包方可能因违反相关法律法规而面临行政处罚，甚至刑事责任。例如，如果关联关系被用于进行贿赂、欺诈等违法行为，那么相关责任人将可能受到法律的严惩。

三、合法关联关系的构建与监管

1. 合法构建关联关系：如果项目代建公司与总包方确实存在关联关系，且这种关系不违反法律法规的强制性规定，那么可以通过合法的方式构建这种关系。例如，通过公开招标、公平竞争的方式选择总包方，并确保招标过程公开、透明、公正。

2. 加强监管与披露：为了降低关联关系带来的法律风险，项目代建公司应加强对关联关系的监管和披露。这包括在招标文件中明确披露关联关系、在合同中约定关联交易的条款和条件、以及定期向相关部门报告关联交易的情况等。

3. 遵循相关法律法规：项目代建公司和总包方在构建和运营关联关系时，应严格遵守相关法律法规的规定。例如，遵守《招标投标法》、《建筑法》等法律法规中关于关联交易、公平竞争等方面的规定。

四、实际操作建议

1. 进行法律评估：在项目代建公司与总包方构建关联关系之前，应进行法律评估，确保这种关系不违反法律法规的强制性规定，并评估其可能带来的法律风险。

2. 完善内部治理结构：项目代建公司应完善内部治理结构，建立有效的内部控制机制，防止关联关系被滥用或用于进行违法行为。

3. 加强沟通与协调：在项目实施过程中，项目代建公司应与总包方加强沟通与协调，确保项目的顺利进行和各方权益的保护。同时，应定期向相关部门报告项目的进展情况和关联交易的情况，以增加透明度和公信力。

如有具体法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况提供专业、全面的法律服务。