针对公司车辆超载时司机的处理问题，需结合具体情境和法律规定综合判断，以下是详细分析：

1. 行政处罚层面
   根据《道路交通安全法》第九十二条，超载处罚直接针对驾驶人：
   

• 公路客运车辆：超载未达20%的，扣6分+罚款200-500元；超载20%以上的，扣12分+罚款500-2000元。
  
• 货运机动车：超载未达30%的，扣1分+罚款200-500元；超载30%以上的，扣6分+罚款500-2000元。
  关键点：处罚对象是实际驾驶人，与车辆所有权归属无关。即使车辆属于公司，司机仍需独立承担行政责任。

1. 民事赔偿层面
   若超载导致交通事故，司机可能面临双重责任：
   

• 对第三方损害：根据《民法典》第1213条，司机与保险公司需在交强险范围内优先赔偿，不足部分按责任比例分担。若超载属于重大过失，保险公司可能主张10%的绝对免赔率（需以保单约定为准）。
  
• 对公司内部责任：若司机存在故意或重大过失（如明知超载仍驾驶），公司可依据《民法典》第1191条向其追偿；若仅属一般过失，则由公司自行承担用工风险。

1. 刑事责任层面
   若超载引发重大事故（致1人以上重伤或30万以上财产损失），司机可能构成交通肇事罪：
   

• 基础刑：3年以下有期徒刑或拘役；
  
• 加重情节：逃逸或情节特别恶劣的，处3-7年有期徒刑；因逃逸致人死亡的，处7年以上有期徒刑。
  特别提醒：即使车辆超载是公司安排，司机仍可能因”应当预见风险而未避免”被认定存在过失。

1. 公司管理责任
   公司作为车辆所有人，可能面临：
   

• 行政处罚：交通部门可对公司处1000-5000元罚款（《道路交通安全法实施条例》第106条）；
  
• 内部追责：若公司强制要求超载，司机可主张”受胁迫行为”免除部分责任，但需提供证据（如录音、书面指令等）；
  
• 用工风险：根据《安全生产法》第106条，公司主要负责人可能被处上一年年收入30%-80%的罚款。

实务建议：

1. 司机应立即拒绝超载指令，并留存书面拒绝证据；
   
2. 发生事故后，第一时间报警并固定超载证据（如称重单、监控录像）；
   
3. 公司应建立车辆载重动态监控系统，避免因管理疏漏承担连带责任；
   
4. 双方均可通过投保”雇主责任险”或”超载附加险”转移部分风险。

如需进一步分析具体案件中的责任划分或证据固定方案，可直接向我提供更多细节（如车辆类型、超载比例、事故后果等），我将结合《道路交通安全违法行为处理程序规定》等地方性法规给出针对性建议。