您好，关于您提出的“因丢失档案确认劳动关系是否适用时效，以及最高院的相关规定”这一问题，我将结合相关法律法规和实际案例，为您进行详细解答。

首先，我们需要明确的是，确认劳动关系之诉在性质上属于确认之诉，即原告要求法院确认其主张的法律关系存在或不存在的请求。根据《最高人民法院关于审理民事案件适用诉讼时效制度若干问题的规定》，确认之诉并不适用诉讼时效制度。这意味着，从诉讼时效的角度来看，确认劳动关系之诉并不受时间限制。

然而，在劳动争议案件中，劳动仲裁是必要的前置程序。根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。这一规定主要适用于债权请求权，如要求支付劳动报酬、经济补偿金等。对于确认劳动关系之诉，虽然不直接适用诉讼时效，但在劳动仲裁阶段，仲裁机构可能会以超过仲裁时效为由不予受理。

不过，即使劳动仲裁机构以超过仲裁时效为由不予受理，劳动者仍然可以依法向人民法院提起诉讼，请求确认劳动关系。法院在审理此类案件时，会综合考虑案件的具体情况，包括劳动关系的存续时间、劳动者的主张是否合理、用人单位的抗辩是否成立等因素，来作出公正的裁决。

以您提到的因丢失档案确认劳动关系为例，如果劳动者因档案丢失而无法证明其与用人单位之间的劳动关系，且该争议发生在劳动关系终止后，劳动者在提起仲裁或诉讼时，虽然可能面临仲裁时效的问题，但法院在审理时并不会单纯以超过仲裁时效为由驳回劳动者的请求。法院会结合其他证据，如工作证、工资条、同事证言等，来综合判断劳动关系的存在与否。

此外，关于最高院的相关规定，虽然目前并没有直接针对确认劳动关系之诉是否适用时效的明确司法解释，但根据现有的法律法规和司法实践，我们可以得出上述结论。同时，各地法院在审理此类案件时，也会根据当地的实际情况和司法政策，作出相应的裁决。

综上所述，因丢失档案确认劳动关系之诉在性质上属于确认之诉，不直接适用诉讼时效制度。但在劳动仲裁阶段，可能会面临仲裁时效的问题。不过，即使劳动仲裁机构不予受理，劳动者仍然可以依法向人民法院提起诉讼。法院在审理时，会综合考虑案件的具体情况和其他证据，来作出公正的裁决。希望这一解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。