检察院免于起诉是否会有案底，需根据具体情况分析，法定不起诉和证据不足不起诉（若后续无新证据）通常不会留下案底，而酌定不起诉则可能会留下案底记录。以下是对这一问题的详细分析：

1. 法定不起诉与案底关系：

   • 情形描述：根据《刑事诉讼法》的规定，当存在情节显著轻微、危害不大不认为是犯罪；犯罪已过追诉时效期限；经特赦令免除刑罚；依照刑法告诉才处理的犯罪且没有告诉或撤回告诉；以及犯罪嫌疑人、被告人死亡等情形时，检察院会作出法定不起诉决定。
   • 案底情况：由于犯罪嫌疑人不被认为构成犯罪，因此不会留下案底。案底通常指犯罪记录，既然不构成犯罪，自然就不存在犯罪记录。

2. 酌定不起诉与案底关系：

   • 情形描述：酌定不起诉适用于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者可以免除刑罚的情况。此时，虽然检察院决定不起诉，但犯罪嫌疑人的行为已经构成犯罪，只是基于从宽情节等因素考虑而不起诉。
   • 案底情况：在实践中，酌定不起诉通常会留下案底记录。因为这本质上是对犯罪行为的一种处理，尽管未进入审判阶段，但行为已被认定为犯罪。

3. 证据不足不起诉与案底关系：

   • 情形描述：当检察院对于二次补充侦查的案件仍然认为证据不足，不符合起诉条件时，会作出证据不足不起诉的决定。
   • 案底情况：如果后续没有新的证据表明犯罪嫌疑人有罪，那么在这种情况下，犯罪嫌疑人不被认定构成犯罪，也就不会留下案底。然而，如果未来发现了新的证据足以证明犯罪嫌疑人有罪，诉讼程序可能会被重新启动，此时可能会产生案底。

其他影响与注意事项：

• 尽管检察院免于起诉通常不会直接产生犯罪记录（即案底），但这并不意味着没有任何影响。检察院会将不起诉决定书送达给被不起诉人和其所在单位。
• 被不起诉人在日后需要开具无犯罪记录证明时，可能需要对此进行解释和说明。此外，在入党、公务员政审等环节，也可能需要进行特别的说明和审查。

总结与建议：

• 检察院免于起诉是否留下案底取决于具体的不起诉类型。对于法定不起诉和证据不足不起诉（若后续无新证据），通常不会留下案底；而对于酌定不起诉，则可能会留下案底记录。
• 如果你或你身边的人面临此类问题，建议直接向我咨询，以便根据具体情况提供更准确的法律分析和建议。