科室共建合作拿利润分成是否合法，需根据具体情况判断，主要取决于合作协议的内容、合作各方的资质以及合作行为是否符合相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：

1. 合作协议的合法性

• 协议内容合规：如果科室共建合作协议中明确约定了利润分成的条款，且该条款不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该条款是合法的。合作各方应当按照协议约定履行各自的权利和义务。
• 协议无效情形：如果合作协议存在《民法典》中规定的合同无效情形，如一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益；恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益；以合法形式掩盖非法目的；损害社会公共利益；违反法律、行政法规的强制性规定等，那么该协议（包括利润分成条款）可能被认定为无效。

2. 合作各方的资质

• 医疗机构资质：科室共建合作通常涉及医疗机构之间的合作。根据相关法律法规，医疗机构必须取得相应的执业许可证才能开展医疗活动。如果合作各方中有一方或多方未取得合法资质，那么其参与的合作行为（包括利润分成）可能因违法而无效。
• 医生资质：参与科室共建合作的医生必须具备相应的执业资格。如果医生未取得合法执业资格而参与合作并获取利润分成，该行为同样可能因违法而无效。

3. 合作行为的合规性

• 禁止利益输送：医疗机构及其工作人员不得利用职务之便，收受他人财物或者其他利益。如果科室共建合作中的利润分成被认定为利益输送，那么该行为可能违反相关法律法规，甚至构成犯罪。
• 遵守医疗管理规定：科室共建合作应当遵守国家关于医疗管理的相关规定，如医疗技术准入、医疗质量管理等。如果合作行为违反这些规定，那么利润分成等条款也可能因违法而无效。

4. 税务合规性

• 依法纳税：合作各方在获取利润分成时，应当依法缴纳相关税费。如果未依法纳税，可能面临税务机关的处罚，甚至影响合作协议的合法性。

法律建议

1. 审查合作协议：在参与科室共建合作前，务必仔细审查合作协议的内容，确保协议合法、合规，并明确约定利润分成的条款。
2. 核实合作方资质：对合作各方的资质进行核实，确保其具备开展合作所需的合法资质和执业资格。
3. 遵守法律法规：在合作过程中，严格遵守国家关于医疗管理、税务等方面的法律法规，确保合作行为的合法性和合规性。
4. 咨询专业律师：如有任何疑问或需要进一步的法律指导，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。

科室共建合作拿利润分成是否合法，需根据具体情况进行综合判断。在参与合作前，务必进行充分的法律审查和风险评估，以确保合作行为的合法性和合规性。