公司通过微信发工资在一定条件下是合法的，但需综合考虑多种因素以确保操作的合规性和保障劳动者权益。以下是对此问题的详细分析：
合法性分析
货币形式合规：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。微信支付作为一种电子支付方式，其资金作为电子数据形式的法定货币体现，技术上满足货币支付的要求。因此，从货币形式上看，微信发工资并不违反法律规定。
双方协商一致：
- 劳动合同中如明确约定可通过微信转账发放工资，或者公司与员工经过充分沟通并达成一致意见，同意采用微信作为工资发放方式，则该行为合法。这种基于双方自愿和协商一致的支付方式，在法律上是被认可的。
支付安全与可追溯性：
- 微信转账记录虽然易于删除或篡改，但只要公司能够确保支付过程的安全性和可追溯性，如通过微信转账留言或聊天记录中注明“工资”用途，并妥善保存相关证据，以备不时之需，那么微信发工资在支付安全与可追溯性方面也是可以满足法律要求的。
潜在问题与注意事项
举证困难：
- 若双方未明确约定工资发放方式为微信转账，一旦发生争议，劳动者可能面临举证困难。因此，建议在劳动合同中明确约定工资支付方式及相关细节，以避免不必要的法律纠纷。
税务合规性：
- 无论通过何种方式发放工资，企业都应如实申报并缴纳税款。微信发工资需确保税务申报的合规性，避免逃税嫌疑。用人单位应依法履行代扣代缴个人所得税等义务，确保社保、个税缴纳基数准确。
操作建议：
- 为确保资金安全性和便于管理，建议优先通过正规银行渠道发放工资。如选择微信转账，应与员工保持沟通，确保双方就支付方式达成一致，并妥善保存相关证据。
特殊规定与地区差异：
- 特殊行业或对资金管理有严格要求的企业，需遵循特定财务制度和规定，可能不能仅通过微信发放工资。同时，不同地区对工资发放的具体规定可能有所差异，用人单位应遵守当地相关规定进行工资发放。
综合建议
虽然微信发工资在一定条件下合法且便捷，但为保障双方权益，减少潜在风险，建议用人单位优先考虑通过正规银行渠道发放工资。同时，应完善劳动合同中的工资支付条款，明确支付方式、支付时间等关键信息，确保支付的合法性与安全性。在选择支付方式时，应充分考虑税务合规性、证据保留以及操作便利性等因素。
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