结论前置：女方起诉离婚，即使结婚证在男方处，法院依然会受理案件。男方不配合并不影响女方依法行使离婚诉讼的权利。以下从法律程序、结婚证的作用及补救措施、男方不配合的法律后果等角度详细说明：

一、法院受理离婚诉讼的核心条件

根据《民法典》及相关司法解释，法院受理离婚诉讼的核心条件是：

1. 原告与案件有直接利害关系（即女方是婚姻关系的一方）；
2. 有明确的被告（即男方身份信息明确）；
3. 有具体的诉讼请求和事实理由（如感情破裂、分居事实等）；
4. 属于法院管辖范围（通常为被告住所地或经常居住地法院）。

结婚证并非法院受理的必备材料，其作用主要是证明婚姻关系存在。若女方无法提供结婚证，可通过其他证据（如户口本、婚姻登记档案、证人证言等）证明婚姻关系，法院仍会受理。

二、结婚证的作用及补救措施

1. 结婚证的作用
   结婚证是证明婚姻关系存在的直接证据，但并非唯一证据。在诉讼中，若男方承认婚姻关系，或女方能提供其他证据（如共同生活证明、子女出生证明、双方亲属证言等），法院可认定婚姻关系存在。

2. 补救措施

   • 申请法院调取婚姻登记档案：女方可向法院申请，由法院向婚姻登记机关调取双方的婚姻登记档案，作为证明婚姻关系的证据。
     
   • 自行调取婚姻登记信息：部分地区允许当事人持身份证到婚姻登记机关查询并打印婚姻登记信息，可作为证据提交。
     
   • 其他辅助证据：如户口本显示“已婚”、共同财产证明、双方往来书信等，均可辅助证明婚姻关系。

三、男方不配合的法律后果

1. 不影响诉讼程序推进
   男方不配合（如拒收传票、拒不到庭）不影响法院依法审理案件。法院可通过公告送达、缺席判决等方式推进程序。

   • 公告送达：若男方下落不明或拒收传票，法院可在报纸或法院公告栏刊登送达公告，公告期满视为送达。
     
   • 缺席判决：男方经合法传唤无正当理由拒不到庭，法院可缺席审理并判决。

2. 可能影响实体权利
   若男方缺席，可能无法充分表达意见或提供证据，导致法院在财产分割、子女抚养等问题上可能倾向于保护女方权益（但需以女方提供的证据为基础）。

四、实务建议

1. 提前准备证据
   女方应收集感情破裂的证据（如分居证明、沟通记录、家暴证据等），以及共同财产、子女情况的证据，以支持诉讼请求。

2. 及时申请法院协助
   若结婚证在男方处，女方可向法院说明情况，申请调取婚姻登记档案或采取其他送达方式，避免因材料缺失延误诉讼。

3. 关注男方动态
   若男方有转移财产、隐匿子女等行为，女方应及时向法院申请财产保全或要求男方配合行使探视权，以维护自身权益。

总结：结婚证在男方处不影响法院受理离婚诉讼，女方可通过其他证据证明婚姻关系，并依法推进程序。男方不配合仅影响程序推进方式，不影响实体判决。如有具体问题，可直接向我咨询，我会结合案情为你详细分析。