关于“土地合同协议书在村上盖章是否有效”的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要综合考虑多个因素来综合判断。以下是我为您提供的详细分析：
一、合同有效的基本条件
主体适格：
- 发包方（通常是村集体经济组织或村民委员会）必须依法享有发包土地的权利。
- 承包方需具备相应的民事行为能力，且如果是本集体经济组织以外的单位或个人承包，需要经过村民会议三分之二以上成员或者三分之二以上村民代表的同意，并报乡（镇）人民政府批准。
意思表示真实：
- 合同双方的签约意愿必须真实、自愿，不存在欺诈、胁迫等不正当手段。
内容合法合规：
- 合同条款必须严格遵守《农村土地承包法》及相关法律法规的强制性规定。
- 土地用途需符合农业用地规划，不得擅自改变为非农用途。
形式符合要求：
- 土地合同协议书应采用书面形式，并由双方签字或盖章。
- 合同应明确承包范围、期限、费用等关键条款。
民主议定程序与政府批准：
- 土地承包需经过村民会议或村民代表会议的讨论决定。
- 合同需报经乡、镇人民政府批准，这是确保合同合法性的重要环节。
二、村上盖章的法律效力
村上盖章的代表性：
- 村上盖章代表了村集体经济组织或村民委员会的意志和认可，是合同有效性的重要证明之一。
- 但盖章行为本身并非合同有效的唯一条件，还需结合其他法定要素综合判断。
盖章的局限性：
- 如果村上盖章程序不合法（如未经民主议定程序）、合同内容违法或损害集体利益，合同可能被认定为无效或可撤销。
- 超越村上权限的盖章行为（如对已被征收为国有土地进行发包）也可能导致合同无效。
三、确保合同有效性的建议
严格遵守法律法规：
- 在签订土地合同协议书时，务必确保合同内容符合《农村土地承包法》及相关法律法规的规定。
履行民主议定程序：
- 土地承包需经过村民会议或村民代表会议的讨论决定，确保承包过程的合法性和透明度。
报经政府批准：
- 合同签订后，应及时报经乡、镇人民政府批准，以获得合同的法定效力。
咨询专业律师：
- 在签订合同前，建议咨询专业律师或法律顾问，对合同内容进行全面审查，确保合同的合法性和有效性。
及时登记备案：
- 合同签订后，应到相关土地管理部门进行登记备案，以进一步确保合同的法律效力。
总结：土地合同协议书在村上盖章并不一定就有效，其有效性还需满足主体适格、意思表示真实、内容合法合规、形式符合要求以及履行民主议定程序和政府批准等多项法定条件。因此，在签订土地合同协议书时，务必谨慎对待每一个环节，确保合同的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时咨询专业律师或法律顾问。