公司使用微信转账给员工发工资，并不直接构成偷税漏税，关键在于公司是否依法履行了税务申报和缴纳义务。以下从不同角度进行详细分析：
一、合法申报纳税情况下的微信转账
合法性：根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关工资条例，用人单位应按时足额发放工资，且发放形式并未特定规定。因此，微信转账作为工资发放方式之一，在法律层面是合法的。
税务处理：若公司在微信转账发放工资后，如实进行个人所得税申报，准确计入应税所得并足额代扣代缴个人所得税，同时企业也按规定对成本进行正确账务处理，并在企业所得税申报等方面符合规定，则此行为不构成偷税漏税。此时，微信转账仅作为一种便捷的支付方式，与银行代发工资本质无异。
举例：某公司每月通过微信转账给员工发放工资，并准确计算员工应缴纳的个人所得税，及时申报并代扣代缴，同时在财务报表中清晰记录。这种做法就是合法的，不构成偷税漏税。
二、未依法申报纳税情况下的微信转账
非法性：若公司通过微信转账发工资旨在隐瞒员工真实收入，减少应代扣代缴的个人所得税，或借此少计企业成本费用、少申报缴纳企业所得税等税费，则此行为属于偷税漏税。
法律后果：税务机关查实后，将依据《税收征收管理法》等相关法律法规对企业进行处罚，包括补缴税款、加收滞纳金及罚款等。情节严重的，相关责任人还可能面临刑事处罚。
举例：某公司为了避税，只将部分工资通过对公账户发放并申报纳税，其余部分通过微信转账且不申报。这种行为就构成了偷税漏税，一旦被税务机关查实，将面临严重的法律后果。
三、税务合规建议
依法申报纳税：无论采用何种方式发放工资，公司均应确保依法申报并缴纳税款。这是每个企业和个人应尽的义务。
保留完整支付记录：公司应保留完整的支付记录，包括微信转账记录、工资单等，以便税务部门查验。
优先通过银行账户发放工资：为了简化税务追踪和核查流程，公司应优先通过银行账户发放工资。这也有助于确保资金的安全性和可追溯性。
四、劳动者权益保护
劳动者对公司使用微信转账发工资存在疑虑时，有权向当地劳动保障部门或税务机关咨询或举报。相关部门将依法调查处理，确保用人单位合规运营，并保障劳动者合法权益不受侵害。
总结：公司使用微信转账发工资本身并不直接构成偷税漏税。关键在于公司是否依法履行了税务申报和缴纳义务。为了确保税务合规和保障劳动者权益，公司应采取上述税务合规建议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。