结论：砍树种药材是否违法及如何处理，需根据具体情况判断，包括砍伐的树木种类、砍伐地点、是否获得许可等因素。以下从不同角度进行分析：
一、砍伐树木的合法性判断
砍伐自有树木：
- 若砍伐的是自己所有的树木，且这些树木不属于国家保护树种或未被列入禁止砍伐范围，同时砍伐行为未违反当地林业管理规定（如砍伐数量、砍伐季节等），则砍伐行为通常是合法的。
- 但需注意：即使砍伐自有树木，也可能需要向当地林业部门申请砍伐许可证，具体依据当地林业法规而定。
砍伐他人树木或公共树木：
- 若砍伐的是他人所有的树木或公共区域的树木，无论这些树木是否属于保护树种，未经树木所有者或管理部门同意擅自砍伐，均构成违法行为。
- 法律依据：根据《中华人民共和国森林法》等相关法律法规，擅自砍伐树木可能面临行政处罚，包括罚款、补种树木等；情节严重的，还可能构成犯罪，如盗伐林木罪或滥伐林木罪。
二、砍树种药材的特殊情况
砍伐保护树种：
- 若砍伐的树木属于国家保护树种，无论砍伐地点和树木所有权如何，均构成违法行为。保护树种通常受到严格保护，未经许可不得砍伐。
- 法律后果：砍伐保护树种可能面临更严厉的行政处罚和刑事处罚。
砍伐地点限制：
- 若砍伐行为发生在自然保护区、风景名胜区、森林公园等特殊保护区域内，即使砍伐的是非保护树种，也可能因违反区域保护规定而构成违法。
- 法律后果：根据具体保护区域的法规，可能面临罚款、恢复原状等行政处罚。
三、处理建议
合法砍伐：
- 在砍伐前，务必了解当地林业法规，确认砍伐的树木种类、数量、地点等是否符合规定。
- 如需砍伐，应向当地林业部门申请砍伐许可证，并按照许可证的要求进行砍伐。
违法砍伐的应对：
- 若已发生违法砍伐行为，应立即停止砍伐，并主动向当地林业部门报告情况，配合调查处理。
- 根据林业部门的处罚决定，积极履行处罚义务，如缴纳罚款、补种树木等。
- 若涉及刑事犯罪：应尽快咨询专业律师，了解自身权利和义务，积极配合司法机关的调查和处理工作。
预防措施：
- 在从事药材种植等农业活动时，应充分了解并遵守当地林业、农业等相关法规，避免因不了解法规而引发法律纠纷。
- 在砍伐树木前，务必确认树木所有权和砍伐许可情况，确保砍伐行为的合法性。
总结：砍树种药材是否违法及如何处理，需根据具体情况判断。在从事相关活动时，务必遵守当地林业法规和相关规定，确保砍伐行为的合法性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。