结论前置：用人单位因员工迟到扣钱，必须基于合法有效的规章制度，且该制度需经过民主程序制定并公示告知员工，同时扣钱幅度需合理，不得低于当地最低工资标准。否则，这种扣钱行为可能不合法，员工有权通过法律途径维护自己的合法权益。
从法律层面分析：
规章制度需合法有效：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利和履行劳动义务。这意味着，如果用人单位想对迟到行为进行管理并实施扣钱措施，必须首先制定合法有效的规章制度，明确迟到的扣钱标准。
- 规章制度的制定应经过民主程序，如职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。这是确保规章制度合法性的重要步骤。
规章制度需公示告知：
- 规章制度制定后，用人单位必须将其有效告知劳动者。这可以通过公司公告栏张贴、员工手册发放、电子邮件群发等方式进行，并确保员工已知晓相关内容。如果规章制度未向员工公示或告知，那么依据这样的规章制度扣钱是不合法的。
扣钱幅度需合理：
- 即便有了合法的规章制度，扣钱数额也应合理设定。根据《工资支付暂行规定》，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。因此，迟到扣钱的幅度也应遵循这一原则，不得畸高。
从实际操作角度分析：
- 如果用人单位没有制定相关的规章制度，或者规章制度中未明确迟到扣钱的规定，那么随意扣钱是不合法的。
- 如果规章制度的制定未经民主程序，或未向劳动者公示，那么依据这样的规章制度扣钱也是不合法的。
- 如果扣除的工资超过了劳动者当月工资的20%，或者扣除后的剩余工资低于当地最低工资标准，那么这种扣钱行为也是不合法的。
维权途径：
- 如果员工认为用人单位的扣钱行为不合法，可以先与用人单位进行沟通协商，要求其说明扣钱依据。
- 若协商不成，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在整个过程中，员工应保留好相关证据，如劳动合同、工资条、考勤记录、规章制度文本、沟通记录等，以便在需要时进行维权。
举例说明：
假设某公司制定了一项规章制度，规定员工迟到一次扣50元，且该制度经过了民主程序制定并公示告知了员工。如果某员工当月工资为3000元，因迟到被扣了100元（假设迟到两次），那么这种扣钱行为是合法的，因为扣除的金额未超过当月工资的20%，且扣除后的剩余工资仍高于当地最低工资标准。但如果该员工当月工资仅为2000元，因迟到被扣了100元后，剩余工资低于当地最低工资标准，那么这种扣钱行为就是不合法的。
综上所述，用人单位因员工迟到扣钱是否合法，取决于规章制度的制定程序是否合法、扣钱幅度是否合理以及是否存在特殊情况等因素。员工应了解自己的权益和义务，并在必要时采取合适的法律手段来维护自己的合法权益。如果你有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。