农村土地承包经营权证在兄弟分家时是否有效，需分情况讨论，关键在于分家行为是否符合法律规定且办理了相应变更登记手续。以下是具体分析：

1. 若分家协议合法且办理了变更登记，则有效
   根据《农村土地承包法》第三十五条，土地承包经营权互换、转让的，当事人可以向登记机构申请登记；未经登记，不得对抗善意第三人。若兄弟分家时通过合法协议对土地承包经营权进行了分割，并依法向县级以上地方人民政府申请变更登记，则分家后各自持有的土地承包经营权证具有法律效力，可对抗他人主张。

2. 若未办理变更登记，则存在风险
   若仅签订分家协议但未办理变更登记，根据《民法典》第二百零九条，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记发生效力。此时，土地承包经营权仍登记在原户主名下，分家后实际经营人可能面临以下风险：

   • 无法对抗第三人主张（如原户主将土地流转给他人）；
     
   • 在征地补偿、土地流转等场景中，可能因权属证明与实际经营人不符产生纠纷。

3. 操作建议

   • 第一步：签订书面分家协议
     明确土地承包经营权的分割方案（如地块位置、面积、四至界限），并由全体家庭成员签字确认，必要时可邀请村委会或基层调解组织见证。
     
   • 第二步：办理变更登记
     携带分家协议、原土地承包经营权证、户口本等材料，向县级农业农村部门申请变更登记。根据《农村土地承包经营权证管理办法》第十五条，办理变更登记后，新证将载明分家后的权利人信息。
     
   • 第三步：留存证据
     保存分家协议、变更登记申请回执、新证等材料，以备后续纠纷时作为权属证明。

若您已签订分家协议但未办理变更登记，建议尽快补办手续；若在分家过程中遇到其他家庭成员反对或登记部门拒绝办理，可进一步向我咨询具体应对方案。