股权变更时干股的处理需根据干股的性质、公司章程及股东协议的具体约定来综合判断，核心原则是尊重当事人意思自治并依法处理。以下分情况说明：

1. 若干股已通过书面协议明确约定权利义务
   若股东之间或股东与公司之间已签订书面协议，明确干股持有者的分红权、表决权等具体权益，以及股权变更时干股的处理方式（如是否随原股东股权一并转让、是否需公司或其他股东回购等），则应优先按照协议约定执行。
   例如：若协议约定“干股仅享有分红权，不享有表决权，且股权变更时干股自动失效”，则股权变更后干股持有者不再享有任何权益；若协议约定“干股可随原股东股权按比例转让”，则需按约定办理工商变更登记。

2. 若未签订书面协议，但干股已实际履行并形成事实关系
   若未签订书面协议，但干股持有者已实际参与公司经营、领取分红，且其他股东未提出异议，可视为事实上的股权关系。此时需结合《公司法》及司法实践处理：

   • 分红权：若干股本质是“分红权赠与”，股权变更不影响已产生的分红权益，但未来分红需按变更后的股权结构重新分配；
     
   • 表决权等股东权利：干股通常不赋予表决权，但若实际行使且其他股东认可，可能被认定为“隐名股东”，需通过显名化程序（如其他股东过半数同意）才能主张权利；
     
   • 股权转让限制：若原股东转让股权，干股持有者无优先购买权，除非公司章程或股东协议另有约定。

3. 若干股涉及职务或业绩激励
   若干股是公司为激励员工或合作伙伴而授予的“限制性股权”（如需满足服务年限或业绩目标），则需按激励计划处理：

   • 未满足条件时：股权变更不影响激励计划的履行，干股可能被回购或作废；
     
   • 已满足条件时：干股转化为实股，需办理工商变更登记，股权变更后按实股处理。

建议行动步骤：

1. 核查干股相关的书面协议（如股东协议、赠与协议、激励计划等）；
   
2. 确认公司章程对干股的约定；
   
3. 与其他股东协商并签订补充协议，明确股权变更时干股的处理方式；
   
4. 必要时办理工商变更登记或公证手续，避免后续纠纷。
   

若有具体协议或案例细节，可进一步向我说明，我会结合实际情况提供更精准的建议。