结论：在借据载明61万元而实际流水为98万元的情况下，法院是否会支持债权61万本金，需根据具体情形判断。以下是一些可能支持法院认定61万本金的情况：

1. 存在其他现金交付或转账记录：

   • 情况说明：如果除了98万元的银行流水外，还有其他的现金交付或转账记录，且这些记录能够证明另外的款项（即61万元与98万元之间的差额部分）已经实际交付给借款人，那么法院可能会支持债权61万本金的主张。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，借款合同是借款人向贷款人借款，到期返还借款并支付利息的合同。借款的数额应当以实际交付的金额为准。如果借款人能够证明除了银行流水外，还有其他形式的款项交付，且这些交付与借据上的金额相符，那么法院会予以认可。

2. 借据包含利息或其他费用：

   • 情况说明：如果借据上的61万元并非全部为本金，而是包含了部分利息或其他费用（如手续费、管理费等），且这些费用在法律允许的范围内，同时借款人能够证明实际收到的本金部分（即98万元中的一部分）与借据上的本金部分（扣除利息或其他费用后的金额）存在对应关系，且双方对此有明确约定，那么法院在审查后可能会支持债权本金的主张（但会扣除不合法的利息或费用部分）。不过，若借款人主张借据61万均为本金，且能合理解释与98万流水的关系（如部分款项为预扣利息后的实际出借本金加上其他独立借款等，但需有相应证据），法院也可能根据证据情况认定61万本金。
   • 特别提醒：需要注意的是，如果利息或其他费用超过了法律规定的上限，那么超出部分将不会被法院支持。

3. 借款人自认或存在其他证据佐证：

   • 情况说明：如果借款人在诉讼过程中自认借据上的61万元为本金，或者存在其他证据（如录音、聊天记录、证人证言等）能够佐证借据上的金额为本金，且这些证据与银行流水、借款合同等证据相互印证，形成完整的证据链，那么法院可能会支持债权61万本金的主张。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，当事人自认的事实，除非有相反证据足以推翻，否则法院应当予以确认。同时，证据应当真实、合法、关联，且能够证明案件事实。

4. 存在独立的借款合同或协议：

   • 情况说明：如果借据只是双方借款关系的一部分，且存在独立的借款合同或协议明确约定了借款本金为61万元，同时该合同或协议与银行流水、借据等证据相互印证，那么法院在审查后可能会支持债权61万本金的主张。
   • 法律依据：借款合同是证明双方借款关系的重要证据。如果借款合同明确约定了借款本金、利息、还款期限等关键条款，且这些条款与借据、银行流水等证据相符，那么法院将依据借款合同来认定案件事实。

建议：

• 在涉及大额借款时，建议双方签订详细的借款合同，明确约定借款本金、利息、还款期限等关键条款，并保留好所有相关的转账记录、收据等证据。
• 如果发生借款纠纷，建议及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。

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