结论前置：在房产证办好后购房合同被收走的情况下，您首先需要明确合同被收走的主体及原因，并根据不同情况采取相应措施以确保自身权益。
一、合同被收走的常见主体及原因
银行：
- 原因：若您是通过贷款购房，银行在办理贷款时通常会要求收走购房合同原件，作为贷款依据和抵押物的证明文件。
- 处理方式：此乃正常银行业务流程，您可向银行咨询合同留存规定，并要求出具收条注明合同信息。待贷款还清并办理解押手续时，部分银行可能会将合同原件返还给您。
开发商：
- 原因：开发商在协助您办理完房产证后，可能会收回部分合同原件，以完善自身的档案管理并确保项目资料的完整性。
- 处理方式：若开发商无正当理由收走合同，您应首先与其沟通要求返还，并保留书面沟通记录。若协商无果，可向房地产管理部门投诉，或寻求法律途径解决，包括提起诉讼要求返还合同及赔偿损失。
不动产登记中心（房管局）：
- 原因：在办理房产证的过程中，购房合同需要提交给房产管理部门进行备案。部分地区的房管局在办理完毕后可能会暂时留存购房合同原件进行存档。
- 处理方式：您可向房管局申请查询合同存档情况，并获取加盖公章的合同复印件，该复印件具有同等法律效力。
二、确保合同安全与备份的建议
- 提前复印：在办理房产证前，建议您事先复印购房合同，并妥善保管复印件。虽然复印件不具有与原件同等的法律效力，但在某些情况下可以作为辅助证据使用。
- 留存电子版：您还可以通过拍照、录像等方式留存购房相关证据，如付款凭证、沟通记录等，以证明购房事实和自身权益。
三、合同未归还的应对措施
协商与调解：
- 首先尝试与收走合同的一方（如银行、开发商）协商解决问题。若协商无果，可寻求房地产管理部门、消费者协会等第三方机构的调解。
法律途径：
- 若以上方法均无法解决问题，您有权向法院提起诉讼，要求收走合同的一方归还合同或提供法律救济。在诉讼过程中，您需提供充分证据支持自己的主张，如沟通记录、收条等。
四、补办购房合同的流程与效力
- 补办流程：若合同遗失或无法找回，您可向开发商或房管局申请补办。具体流程和所需材料因地区而异，建议提前向当地相关部门咨询。
- 合同效力：补办时，相关机构一般会提供留底的一份合同的原件或复印件，并在复印件上盖章确认。该复印件具有与原件同等的法律效力，可用于后续的房产交易、过户等事宜。
五、实际案例与启示
- 案例：某购房者通过贷款购房，银行在办理贷款时收走了购房合同原件。待贷款还清后，购房者向银行索要合同原件，但银行以各种理由拖延返还。购房者最终通过法律途径提起诉讼，要求银行返还合同原件并赔偿损失。法院经审理后支持了购房者的诉求。
- 启示：在购房过程中，您应密切关注购房合同的去向和留存情况。若合同被收走且无法及时返还，应积极采取措施维护自己的合法权益，包括协商、调解和法律途径等。
总结：购房合同在房产交易中具有至关重要的法律地位和作用。在房产证办好后购房合同被收走的情况下，您应首先明确合同被收走的主体及原因，并根据不同情况采取相应措施以确保自身权益。若合同未归还或遗失，您可通过协商、调解或法律途径来维护自己的合法权益，并可根据需要补办购房合同。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。