在有两个被告且其中一个身份不明的情况下，一般不可以直接立案，但存在一些特殊情况和处理方式。以下从不同角度为你详细分析：

常规立案要求

在民事诉讼中，立案需要满足一定的条件，其中明确被告是重要的一项。根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，起诉必须符合下列条件：原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织；有明确的被告；有具体的诉讼请求和事实、理由；属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。这里的“有明确的被告”，通常要求提供被告的姓名、性别、工作单位、住所等信息，法人或者其他组织的名称、住所等信息，以便法院能够准确地将诉讼文书送达给被告，保障诉讼程序的顺利进行。如果其中一个被告身份不明，就无法满足这一基本要求，法院一般不会直接立案。

特殊情况及处理方式

1. 尽力明确被告身份信息
   • 在起诉前，原告应尽可能通过合法途径去查明身份不明被告的相关信息。例如，如果是因交通事故引发的纠纷，可以通过交警部门获取事故相关人员的详细信息；如果是因合同纠纷，可以查看合同签订过程中的往来记录、沟通记录等，看是否能找到关于该被告身份的线索。
   • 如果通过自身努力无法查明，也可以委托律师进行调查。律师具有专业的调查手段和渠道，可以通过向相关部门申请调查令等方式，获取被告的身份信息。一旦明确了被告身份，就可以正常向法院提起诉讼。
2. 申请法院协助调查
   • 在某些情况下，原告确实已经穷尽了自身和律师的调查手段，但仍无法明确被告身份信息，此时可以向法院提出申请，请求法院协助调查。法院会根据具体情况，决定是否启动调查程序。
   • 例如，在一些涉及网络侵权等案件中，原告可能只知道侵权人的网络账号等信息，但无法获取其真实身份。法院可以通过与相关网络平台沟通协调，要求平台提供侵权人的注册信息等，从而明确被告身份。不过，法院是否会同意协助调查以及调查的结果如何，都存在不确定性。
3. 考虑是否可以变更或追加被告
   • 如果身份不明的被告并非案件的关键当事人，或者其责任可以由其他明确身份的被告承担，原告可以考虑是否可以变更诉讼请求，不将该身份不明的被告列为诉讼当事人。
   • 另外，如果在诉讼过程中发现了新的线索，能够明确该被告身份，原告可以向法院申请追加被告。但需要注意的是，追加被告需要在法律规定的期限内提出，并且要符合追加被告的相关条件。

立案后的可能情况

即使法院在立案时因被告身份不明问题存在一定困难，但最终立案了，在后续的诉讼过程中，如果仍然无法将诉讼文书送达给身份不明的被告，法院可能会采取公告送达的方式。公告送达是指在受送达人下落不明或者用其他方式无法送达的情况下，法院通过公告将诉讼文书有关内容告知受送达人的一种特殊的送达方式。自发出公告之日起，经过一定期限（通常为六十日），即视为送达。不过，公告送达可能会延长诉讼周期，增加诉讼成本。

如果你在诉讼过程中遇到被告身份不明的问题，可以进一步向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供更详细的法律建议。