自建房相关纠纷能否在审理中处理，需结合具体纠纷类型、诉讼阶段及法律程序综合判断，以下分情况说明：

1. 若自建房涉及产权争议（如所有权确认、继承、分割等），可在民事诉讼中直接处理
   根据《民法典》第209条，不动产物权的设立、变更、转让和消灭需依法登记才发生效力。若自建房未办理产权登记，但符合“合法建造”要件（如取得宅基地使用权证、建设工程规划许可证等），法院可在诉讼中通过审查建造合法性、权属来源等证据，直接确认产权归属。例如：

   • 家庭成员因自建房继承产生纠纷，法院可依据《民法典》继承编规定，结合建造出资、宅基地使用权登记等情况，判决房屋归属；
     
   • 夫妻离婚时对自建房分割有争议，若房屋属于夫妻共同财产（如婚后共同建造），法院可依据《民法典》婚姻家庭编规定进行分割。
     

2. 若自建房涉及相邻权纠纷（如采光、通风、排水等），可在民事诉讼中处理
   根据《民法典》第288-296条，不动产的相邻权利人应遵循有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则处理相邻关系。若自建房的建造行为（如加高、扩建）侵犯他人相邻权，受害人可直接起诉要求停止侵害、排除妨碍或赔偿损失，法院可在诉讼中审查建造行为是否合法、是否超出合理限度，并作出相应判决。

3. 若自建房涉及行政违法（如未取得规划许可擅自建造），需通过行政诉讼或行政程序处理，但民事诉讼中可能“中止审理”或“驳回起诉”

   • 行政诉讼路径：若行政机关已对自建房作出处罚决定（如限期拆除、罚款），当事人不服的，可依据《行政诉讼法》提起行政诉讼，要求撤销或变更处罚决定；
     
   • 民事诉讼限制：若民事诉讼中涉及自建房的合法性（如合同效力、侵权责任），而房屋合法性需以行政机关认定为准（如是否属于违建），法院可能依据《民事诉讼法》第153条“中止审理”，待行政机关作出认定后再恢复审理；或直接以“房屋合法性未经行政确认”为由驳回起诉，要求当事人先通过行政程序解决合法性问题。
     

4. 若自建房涉及刑事犯罪（如非法占用农用地、贪污建房款等），需通过刑事诉讼处理，民事诉讼可能“中止”或“移送线索”
   例如：

   • 若自建房占用的是耕地且未办理农用地转用手续，可能涉嫌《刑法》第342条“非法占用农用地罪”，需由公安机关立案侦查，法院在刑事诉讼中判决责任；
     
   • 若建房过程中存在贪污、挪用公款等行为，可能涉嫌《刑法》第382条、第384条等罪名，同样需通过刑事诉讼追究责任。此时，民事诉讼中若涉及同一事实（如合同纠纷），法院可能中止审理，待刑事案件审结后再恢复；或直接将犯罪线索移送公安机关。
     

总结建议：自建房纠纷能否在审理中处理，需先明确纠纷性质（民事、行政或刑事）。若是民事纠纷（产权、相邻权），可直接起诉；若涉及行政违法或刑事犯罪，需优先通过行政或刑事程序解决合法性问题，再处理民事争议。具体操作中，建议携带建房手续（如宅基地证、规划许可、施工合同等）咨询律师，以便精准分析诉讼策略。