结论：要避免老板后期反悔起诉，关键在于确保挪用资金行为的法律性质得到明确界定，并尽可能收集和保留相关证据以证明资金已全退还且双方无争议。以下是从不同角度给出的具体分析和建议：
一、法律性质界定
挪用资金罪的构成要件：
- 挪用资金罪是指公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，挪用本单位资金归个人使用或者借贷给他人，数额较大、超过三个月未还的，或者虽未超过三个月，但数额较大、进行营利活动的，或者进行非法活动的行为。
- 在您的情况下，挪用资金100万已全退还，这表明您已经采取了补救措施，减少了公司的损失。但关键在于，这一行为是否构成挪用资金罪，还需考虑挪用时间、用途以及是否经过公司同意等因素。
退还资金的影响：
- 退还资金是减轻或免除刑事责任的重要因素。如果能够在案发前或立案前全额退还，且没有造成其他严重后果，有可能不构成犯罪或仅构成情节轻微的犯罪，从而避免刑事处罚。
- 但即便退还了资金，如果挪用行为本身已经构成了犯罪，且老板坚持要追究法律责任，那么仍然有可能面临刑事起诉。
二、证据收集与保留
退还资金的证据：
- 确保有充分的证据证明您已经全额退还了挪用的资金，如银行转账记录、收据、公司财务记录等。
- 这些证据应当清晰、完整，能够直接证明资金已经归还给公司。
双方无争议的证据：
- 如果可能，与老板签订一份书面协议，明确双方对挪用资金事宜已经达成和解，且老板不再追究您的法律责任。
- 或者，保留老板表示不再追究的口头或书面声明，作为日后可能出现的法律纠纷的证据。
三、法律建议与风险防范
主动沟通：
- 与老板进行坦诚的沟通，解释挪用资金的原因、退还的过程以及您对此事的认识和态度。
- 表明您愿意承担责任并已经采取了补救措施，希望得到老板的谅解和不再追究。
寻求法律帮助：
- 如果担心老板后期反悔起诉，可以咨询专业律师（即我，孙燕青律师，专注于刑事案件辩护，特别是职务犯罪领域），了解您的法律权利和义务。
- 律师可以协助您评估风险、制定应对策略，并在必要时代表您与老板进行协商或辩护。
注意法律时效：
- 了解挪用资金罪的追诉时效，确保在追诉时效期内采取必要的法律措施。
- 如果老板在追诉时效期内未提起诉讼，那么您将不再面临被起诉的风险。
四、可能面临的法律后果及应对
如果老板起诉：
- 如果老板坚持要追究您的法律责任并提起诉讼，您需要积极应对，配合司法机关的调查和审判。
- 在法庭上，您可以提供退还资金的证据、双方无争议的证据以及您的辩护意见，争取减轻或免除刑事责任。
如果构成犯罪：
- 如果挪用资金行为确实构成了犯罪，且老板坚持要追究，那么您可能需要承担刑事责任。
- 但考虑到您已经全额退还了资金，且可能没有造成其他严重后果，法院在判决时可能会酌情从轻或减轻处罚。
最后，要避免老板后期反悔起诉，关键在于确保挪用资金行为的法律性质得到明确界定，并尽可能收集和保留相关证据。同时，与老板进行坦诚的沟通、寻求法律帮助以及注意法律时效也是非常重要的。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。