结论：独资企业分配股权并另行注册其他公司，这一行为本身并不直接违法，但具体是否合法需根据股权分配的方式、目的以及新注册公司的运营情况等多方面因素综合判断。

详细分析：

1. 股权分配的合法性：

   • 独资企业，顾名思义，是由单一投资者（自然人或法人）全资拥有的企业。在独资企业中，理论上不存在“股权分配”的问题，因为所有权益均归投资者所有。但若这里的“独资企业”实际上是指具有多个隐名股东或存在类似股权结构的特殊企业形式（尽管法律上通常不承认这种形式为独资），那么股权的分配就需要遵循相关法律法规，如《公司法》中关于股权转让、增资扩股等规定。
   • 若独资企业投资者决定将其部分权益以某种形式（如股权、合伙份额等）转让给第三方，并据此在新注册的公司中持有股份，这一行为需确保符合相关法律法规，如完成必要的工商变更登记、签订合法有效的股权转让协议等。

2. 新注册公司的合法性：

   • 另行注册其他公司本身是一个合法的商业行为，只要新公司的注册程序、经营范围、股东结构等均符合《公司法》及其他相关法律法规的规定。
   • 若新注册的公司与独资企业存在关联交易、资金往来等，需确保这些交易符合市场公平原则，避免利益输送、逃避税收等违法行为。

3. 潜在的法律风险：

   • 若独资企业投资者在分配股权或注册新公司过程中存在欺诈、隐瞒、虚假陈述等行为，可能面临法律责任，如民事赔偿、行政处罚甚至刑事责任。
   • 若新注册的公司与独资企业之间的业务关系构成不正当竞争或垄断，也可能受到相关法律法规的制裁。

法律建议：

• 在进行股权分配或注册新公司前，建议咨询专业律师，确保所有行为均符合相关法律法规的规定。
• 完善相关协议和文件，如股权转让协议、公司章程等，明确各方权利义务，避免未来产生纠纷。
• 关注税务合规问题，确保所有交易均依法纳税，避免税务风险。

可能后果：

• 若行为合法合规，则不会产生不良法律后果，反而可能促进商业发展，实现资源优化配置。
• 若行为违法违规，则可能面临法律制裁，包括但不限于民事赔偿、行政处罚、刑事责任等，同时可能损害企业声誉和商业信誉。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。