结论：即使您已经跟老板签了协议还上了挪用的公司资金，仍然可能存在一定的风险，这些风险主要来源于法律层面和公司内部管理层面。以下是对这些风险的详细分析：
法律层面
挪用资金罪的刑事风险：
- 法律规定：根据《中华人民共和国刑法》第二百七十二条，公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，挪用本单位资金归个人使用或者借贷给他人，数额较大、超过三个月未还的，或者虽未超过三个月，但数额较大、进行营利活动的，或者进行非法活动的，处三年以下有期徒刑或者拘役；挪用本单位资金数额巨大的，或者数额较大不退还的，处三年以上十年以下有期徒刑。
- 风险分析：即使您已经还上了挪用的资金，但如果挪用行为本身符合上述法律规定的情形，且数额达到刑事立案标准，您仍然可能面临刑事指控。不过，在您已经归还资金的情况下，法院在量刑时可能会考虑这一情节，从而对您从轻或减轻处罚。
民事赔偿责任：
- 法律规定：除了刑事责任外，挪用公司资金还可能涉及民事赔偿责任。如果您的挪用行为给公司造成了经济损失，公司有权要求您承担赔偿责任。
- 风险分析：即使您已经与老板签订了协议并还上了资金，但如果协议中未明确免除您的民事赔偿责任，或者公司认为您的挪用行为还导致了其他未计算在内的损失，公司仍然有权向您追偿。
公司内部管理层面
公司规章制度的风险：
- 规定内容：许多公司都有明确的规章制度，禁止员工挪用公司资金。这些规章制度通常会对挪用资金的行为设定严厉的处罚措施，包括但不限于警告、罚款、解除劳动合同等。
- 风险分析：即使您已经还上了资金，但如果您的行为违反了公司的规章制度，公司仍然有权根据规章制度对您进行处罚。这种处罚可能不会涉及法律责任，但会对您的职业声誉和未来发展产生不利影响。
信任危机与职业声誉：
- 风险分析：挪用公司资金是一种严重的职业道德失范行为，即使您已经还上了资金并签订了协议，也可能在公司内部和行业内引发信任危机。这种信任危机可能影响您未来的职业发展，包括晋升、跳槽等方面。
建议与措施
- 咨询专业律师：鉴于挪用资金行为的复杂性和法律后果的严重性，我建议您咨询专业律师（当然，您可以直接向我咨询，我专注于公司法务领域），以全面了解您的法律风险和可能的法律后果。
- 与公司沟通：您可以与公司管理层进行坦诚的沟通，说明您已经还上了资金并表达了悔意。如果可能的话，您可以请求公司出具一份书面声明，确认您已经归还了资金并免除了您的相关责任（但需注意，这种声明并不能完全消除您的法律风险）。
- 加强自我约束：未来在工作中，您应严格遵守公司的规章制度和职业道德规范，避免再次发生类似的行为。
总结来说，即使您已经跟老板签了协议还上了挪用的公司资金，仍然可能面临法律层面和公司内部管理层面的风险。因此，我建议您采取积极的措施来降低这些风险，并咨询专业律师以获取更具体的法律建议。