关于公司法中实际出资人与代持股人诉讼时效的问题，结论前置如下：
诉讼时效的基本规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间通常为三年。这一规定同样适用于实际出资人与代持股人之间的纠纷。
实际出资人与代持股人纠纷的诉讼时效起算点：
- 知道或应当知道权利受损时：诉讼时效期间一般从权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。在实际出资人与代持股人的关系中，如果实际出资人发现代持股人违反了代持股协议，如擅自处分股权、未按照约定分配收益等，且此时实际出资人知道或应当知道其权利受到了损害，那么诉讼时效就从此时开始计算。
- 特殊情况下的起算点：如果代持股协议中有明确的履行期限，且代持股人在履行期限届满后未履行义务，那么诉讼时效可能从履行期限届满之日起计算。此外，如果实际出资人长期不知情，且代持股人的行为构成欺诈或隐瞒，那么诉讼时效的起算点可能会根据具体情况有所推迟，但通常不会超过法律规定的最长诉讼时效期间（如二十年）。
诉讼时效的中断与中止：
- 诉讼时效中断：在诉讼时效期间内，如果实际出资人向代持股人提出履行请求、代持股人同意履行义务、实际出资人提起诉讼或申请仲裁等，都会导致诉讼时效中断。中断后，诉讼时效期间重新计算。
- 诉讼时效中止：在诉讼时效期间的最后六个月内，如果因不可抗力或其他障碍不能行使请求权，诉讼时效中止。自中止时效的原因消除之日起满六个月，诉讼时效期间届满。
实际案例与法律建议：
- 实际案例：假设实际出资人与代持股人签订了一份代持股协议，约定代持股人每年向实际出资人分配一定比例的股权收益。然而，代持股人连续多年未履行分配义务，且实际出资人一直不知情。后来，实际出资人通过其他途径得知了此事，并决定向代持股人追讨收益。此时，诉讼时效的起算点应为实际出资人知道或应当知道其权利受到损害之日，即其得知代持股人未履行分配义务之日。
- 法律建议：对于实际出资人而言，一旦发现代持股人存在违约行为，应尽快与代持股人沟通协商，并保留好相关证据（如代持股协议、沟通记录、收益分配记录等）。如果协商无果，应及时向法院提起诉讼或申请仲裁，以避免诉讼时效过期导致权利无法得到保护。同时，实际出资人也可以考虑在代持股协议中约定更明确的履行期限和违约责任，以降低纠纷发生的风险。
特殊情况下的考虑：
- 如果代持股行为涉及非法活动（如洗钱、逃税等），那么实际出资人与代持股人之间的纠纷可能不受诉讼时效的限制，或者诉讼时效的起算点会有所不同。在这种情况下，实际出资人应尽快向相关部门举报，并寻求法律帮助。
总结与进一步思考：
实际出资人与代持股人之间的诉讼时效问题是一个复杂且重要的法律问题。在实际操作中，双方应明确约定代持股协议的条款和履行期限，以避免纠纷的发生。如果发生纠纷，双方应及时沟通协商，并保留好相关证据。如果协商无果，应及时寻求法律帮助，以避免诉讼时效过期导致权利无法得到保护。如果你有更具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。