没收违法修建房屋由行政机关处理的法律依据主要来源于《中华人民共和国城乡规划法》和《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规。以下是对这些法律依据的详细解释：

1. 《中华人民共和国城乡规划法》：

   • 第六十四条：规定未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款；无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。这一条款明确了对违法建设行为的处理措施，包括没收违法修建的房屋（在无法拆除的情况下）。
   • 第六十八条：规定城乡规划主管部门作出责令停止建设或者限期拆除的决定后，当事人不停止建设或者逾期不拆除的，建设工程所在地县级以上地方人民政府可以责成有关部门采取查封施工现场、强制拆除等措施。虽然此条款主要强调的是强制拆除，但在实际操作中，对于无法拆除的违法建筑，行政机关同样有权依据相关法律法规进行没收处理。

2. 《中华人民共和国土地管理法》：

   • 第七十七条：规定未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款。这一条款明确了对非法占用土地进行建设的处理措施，包括没收违法修建的房屋。
   • 第七十八条：针对农村村民未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建住宅的情况，规定了由县级以上人民政府农业农村主管部门责令退还非法占用的土地，限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋。虽然此条款主要强调的是限期拆除，但同样隐含了对于无法拆除或不符合拆除条件的违法建筑，行政机关有权进行没收处理的原则。

在实际操作中，行政机关在没收违法修建房屋时，会遵循以下程序：

• 调查取证：行政机关会对违法建设行为进行调查，收集相关证据，包括现场勘查记录、照片、视频等。
• 作出决定：根据调查结果，行政机关会作出没收违法修建房屋的决定，并告知当事人相关的权利和义务。
• 执行没收：在当事人不履行没收决定时，行政机关会依法采取强制执行措施，包括查封、扣押、拍卖等，以确保没收决定的得到有效执行。

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