若问题核心是“土地转让时，甲方与政府无关联关系，是否影响转让及如何处理”，结论如下：

1. 甲方与政府无关联关系本身不影响土地转让的合法性
   土地转让的核心依据是《民法典》《城市房地产管理法》等法律法规，只要甲方是土地合法权利人（如持有土地使用权证），且转让行为符合法定条件（如已支付全部土地出让金、完成开发投资比例等），即使甲方与政府无关联关系，转让行为仍合法有效。
   法律依据：《民法典》第2零9条（不动产物权登记效力）、《城市房地产管理法》第39条（土地使用权转让条件）。

2. 需重点核查土地权属及转让限制
   若甲方与政府无关联，需特别关注以下风险点：

   • 土地来源合法性：确认甲方是否通过出让、划拨等合法方式取得土地使用权，是否存在权属纠纷或抵押、查封等限制转让的情形；
     
   • 规划用途合规性：检查土地用途是否符合规划要求，若需变更用途（如从工业用地转为商业用地），需经政府审批，否则转让可能无效；
     
   • 税费缴纳义务：甲方是否已缴纳土地增值税、契税等税费，否则可能影响转让登记或导致买方承担额外税费。
     建议：要求甲方提供土地使用权证、出让合同、规划许可证等文件，并到不动产登记中心查询土地权属状态。

3. 政府审批或备案可能影响转让流程
   即使甲方与政府无关联，部分土地转让仍需政府审批或备案：

   • 划拨土地转让：需经政府批准，并补缴土地出让金；
     
   • 集体土地转让：需符合集体土地入市条件（如试点地区），并经村民会议或政府审批；
     
   • 限制转让区域：如生态保护区、历史街区等，可能需额外审批。
     操作建议：签订转让合同前，向当地自然资源部门咨询具体要求，避免因程序瑕疵导致合同无效。

4. 合同条款需明确风险分担
   为降低甲方与政府无关联可能带来的风险，建议在转让合同中约定：

   • 甲方保证条款：甲方承诺土地权属清晰、无转让限制，否则承担违约责任；
     
   • 政府审批条款：明确若需政府审批，由哪方负责办理及费用承担；
     
   • 违约责任条款：若因甲方原因导致转让失败（如土地被收回、规划调整等），甲方需赔偿买方损失。
     示例条款：“甲方保证土地使用权未被抵押、查封，且已满足转让条件。若因甲方原因导致本合同无法履行，甲方应退还已收款项并支付合同总价20%的违约金。”

总结：甲方与政府无关联关系不直接导致土地转让违法，但需重点核查土地权属、规划用途及政府审批要求。建议通过合同条款明确风险分担，并在交易前委托律师进行尽职调查，确保转让合法合规。如有具体案例或文件需要分析，可进一步向我提供细节。