结论：在判决书确认房屋归原告但需被告配合过户的情况下，原告通常不能单方申请过户，但在特定条件下可以申请强制执行过户。以下从不同角度进行详细分析：
一、一般情况下的过户流程
在房屋产权纠纷中，如果判决书已经确认房屋归原告所有，但同时要求被告配合过户，那么通常情况下，过户手续需要双方共同完成。这是因为过户涉及到房屋产权的转移，需要双方到相关部门办理相关手续，包括签署过户文件、缴纳税费等。如果被告不配合，原告无法单方面完成过户。
二、申请强制执行过户的条件与流程
条件：
- 判决书已经生效，即已经过了上诉期且没有上诉，或者二审已经判决维持原判。
- 被告拒不履行判决书中的义务，即不配合原告办理过户手续。
流程：
- 准备材料：原告需要准备判决书、生效证明、强制执行申请书等材料。
- 向法院申请：原告应向作出生效判决的法院提交强制执行申请，请求法院强制被告配合过户。
- 法院执行：法院在受理申请后，会向被告发出执行通知书，要求其履行义务。如果被告仍然拒不履行，法院可以采取强制措施，如查封、扣押、拍卖等，或者直接裁定过户给原告。
三、实际操作中的注意事项
- 及时申请：原告应在判决书生效后尽快申请强制执行，以免因被告转移财产或其他原因导致执行困难。
- 准备充分：在申请强制执行时，原告应确保所有材料齐全、准确，以便法院能够顺利受理并执行。
- 配合法院：在执行过程中，原告应积极配合法院的工作，提供必要的协助和信息。
四、可能遇到的法律后果
- 如果被告配合过户：那么双方可以顺利完成过户手续，原告取得房屋产权。
- 如果被告不配合且原告未申请强制执行：那么原告可能无法取得房屋产权，或者需要花费更多的时间和精力来通过其他途径解决。
- 如果被告不配合且原告申请了强制执行：那么法院可能会采取强制措施来执行过户，被告可能会面临罚款、拘留等法律后果。
建议：如果您遇到了判决书确认房屋归您但被告不配合过户的情况，建议您及时咨询专业律师（即我本人，郭艳秋律师，专注于合同纠纷、房产纠纷领域），了解具体的申请强制执行流程和注意事项，以便更好地维护自己的合法权益。