关于货物运到逾期违约金的收取问题，这主要取决于合同中的具体约定以及相关法律法规的规定。以下是我从不同角度为你详细分析的情况：
一、合同中有明确约定的情况
按照合同约定的比例或金额执行：
- 如果合同中明确规定了逾期交付货物的违约金计算方式，比如按逾期天数每日收取货物总价值的一定比例（如万分之五）或者约定了一个固定的违约金金额，那么应当严格按照这些具体条款来执行。
- 示例：若合同约定货物价值50万元，逾期交付每日按货物价值的万分之五收取违约金，逾期20天则违约金为5000元。
调整过高或过低的违约金：
- 尽管合同中有约定，但如果一方认为约定的违约金过高或过低，与实际损失不符，可以请求法院或仲裁机构进行调整。
- 调整的依据是违约行为造成的实际损失，确保违约金既不过分高于也不低于实际损失，以维护合同的公平性和合理性。
二、合同中没有明确约定的情况
按照实际损失主张：
- 当合同中没有关于逾期交付货物违约金的约定时，受损方可以要求违约方赔偿因逾期交付所造成的实际损失。
- 实际损失可能包括但不限于货物的仓储保管费用增加、货物贬值、因逾期交付导致的生产经营延误等。
参照法定标准或行业惯例：
- 在难以准确计算实际损失的情况下，可以参照一些法定标准或行业惯例来确定赔偿金额。
- 例如，可以参照中国人民银行规定的同期同类贷款利率来计算因逾期交付给对方造成的资金占用损失，或者参考行业内类似情况的赔偿标准。
三、法律程序与证据保留
书面通知与证据留存：
- 在收取货物运到逾期违约金时，应通过书面形式向违约方明确告知违约情况和应支付的违约金金额。
- 同时，应留存相关沟通记录、合同文本、交付凭证等证据，以备后续可能的法律纠纷。
协商与法律途径：
- 建议首先尝试与对方进行友好协商，寻求双方都能接受的解决方案，如调整运输计划、达成赔偿协议等。
- 如果协商不成，可以依法通过诉讼或仲裁等法律途径来维护自身权益，要求违约方承担违约责任并支付相应的违约金。
四、法律依据
- 《中华人民共和国民法典》第五百八十五条：当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
在处理货物运到逾期违约金的问题时，务必确保合同条款的明确性和合法性，并在发生纠纷时及时保留证据并寻求法律途径解决。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。