结论：农业专业合作社代农户投保后，将理赔款部分用于本社支出是否违规，需分情况讨论，关键在于是否符合法律规定、合作社章程及与农户的约定。具体分析如下：

1. 若合作社与农户有明确约定，且约定合法合规
   若合作社在代农户投保时，已通过书面合同或章程明确约定：理赔款在扣除必要成本（如保险费、管理费等）后，剩余部分可用于合作社公共支出（如基础设施建设、技术培训等），且该约定未违反《农业专业合作社法》《保险法》等强制性规定，则此行为可能合法。
   法律依据：

   • 《农业专业合作社法》第4条：合作社应“以服务成员为宗旨，谋求全体成员的共同利益”，若支出用于成员共同利益，且经成员大会同意，可能被认可。
     
   • 《保险法》第10条：保险合同需遵循“自愿、公平、诚实信用”原则，若农户知情并同意，不构成违法。
     

2. 若未约定或约定违法，则可能违规

   • 擅自挪用理赔款：若合作社未与农户约定，或约定未经成员大会表决通过，擅自将理赔款用于非成员共同利益（如合作社管理人员薪酬、对外投资等），可能构成“侵占成员财产”，违反《农业专业合作社法》第21条（成员权益保护）及第69条（法律责任）。
     
   • 违反保险合同目的：若保险合同明确约定理赔款应直接支付给农户，合作社截留或挪用可能违反《保险法》第14条（保险金支付义务），保险公司或农户可要求合作社返还。
     

3. 特殊情形：政府补贴或政策性保险
   若投保资金来源于政府补贴或政策性保险（如农业大灾保险），理赔款的使用可能受专项政策约束。例如，部分政策要求理赔款必须全额支付给农户，此时合作社挪用可能同时违反《财政违法行为处罚处分条例》等行政法规。

建议：

• 合作社：应通过成员大会修订章程，明确理赔款使用规则，并留存农户书面同意证据；支出时确保用于成员共同利益，避免个人或少数人获利。
  
• 农户：若发现合作社违规使用理赔款，可要求召开成员大会质询，或向农业农村部门、银保监会投诉，必要时通过诉讼追偿。
  

如有具体合同或支出细节需要分析，可进一步向我提供信息，我会结合案例和法条为您详细解答。