两个独立法人单位办理合并手续是一个涉及多个环节和法律规定的复杂过程。以下是一个清晰、详细且有深度的解答，帮助您了解整个合并流程：
一、合并前的准备与决策
内部决策：
- 两个独立法人单位（以下简称“公司A”和“公司B”）应首先进行内部决策，包括董事会或股东会的审议和批准，决定进行合并，并明确合并的形式（吸收合并或新设合并）。
- 吸收合并：公司A吸收公司B，公司B解散，公司A存续。
- 新设合并：公司A和公司B合并为一个新公司，原有两公司均解散。
签订合并协议：
- 公司A和公司B应签订合并协议，明确合并的具体条款，包括合并方式、合并后公司的名称、注册资本、股权结构、债权债务处理、员工安置等。
二、履行法定程序
编制资产负债表及财产清单：
- 公司A和公司B应各自编制资产负债表及财产清单，以清晰展示合并前的财务状况。
通知债权人并公告：
- 根据《公司法》的规定，公司A和公司B应自作出合并决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上公告。债权人自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，可以要求公司清偿债务或者提供相应的担保。
办理税务合并登记：
- 根据税务部门的要求，公司A和公司B需进行合并分立报告，填写相关信息，如合并时间、报告类型、合并原因等，并上传批准合并的文件和决议。
- 纳税人合并时未缴清税款的，应当由合并后的纳税人继续履行未履行的纳税义务。
办理工商变更登记：
- 根据《关于做好公司合并分立登记支持企业兼并重组的意见》，公司A和公司B应向工商行政管理部门提交合并登记申请，包括合并协议、股东会决议、资产负债表及财产清单、债权人通知及公告证明等材料。
- 工商行政管理部门将审核申请材料，并办理合并后的公司设立或变更登记手续。
三、合并后的整合与运营
整合资源：
- 合并后的公司应整合双方资源，包括人员、资产、业务等，以实现协同效应和规模经济。
完善公司治理结构：
- 根据合并后的公司规模和业务需求，完善公司治理结构，包括董事会、监事会等机构的设置和人员配备。
处理债权债务关系：
- 合并后的公司应妥善处理合并前的债权债务关系，确保债权人的合法权益得到保障。
持续合规运营：
- 合并后的公司应遵守相关法律法规和监管要求，持续合规运营，确保公司的长期稳定发展。
四、注意事项
- 法律合规：在整个合并过程中，公司A和公司B应严格遵守相关法律法规和监管要求，确保合并的合法性和合规性。
- 信息披露：合并过程中应及时、准确地向股东、债权人和其他利益相关者披露相关信息，保障其知情权。
- 风险防控：合并过程中可能面临各种风险，如法律风险、财务风险等，公司应制定相应的风险防控措施，确保合并的顺利进行。
希望以上解答能够帮助您了解两个独立法人单位办理合并手续的全过程。如有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时咨询相关专业人士或机构。