结论概述：企业员工担任法人时，企业发生问题后，执行对象既可能是法人，也可能是实际控制人，具体取决于问题的性质、法律规定以及实际控制人的行为等因素。以下从不同角度进行详细分析：
一、法人责任角度
法人作为法律主体：
- 根据《公司法》及相关法律法规，法人是具有民事权利能力和民事行为能力，依法独立享有民事权利和承担民事义务的组织。因此，在一般情况下，企业（即法人）作为独立的法律主体，需要对其自身的行为承担法律责任。
- 如果企业发生问题，如违约、侵权等，首先应当由企业（法人）承担相应的法律责任，包括民事赔偿、行政处罚等。
法人代表的责任：
- 员工担任法人代表时，其代表企业行使职权，但并不意味着其个人需要承担企业的全部法律责任。法人代表的责任通常限于其职务行为，且需符合法律法规和企业章程的规定。
- 如果法人代表在执行职务过程中存在过错或违法行为，导致企业损失或第三方损害，法人代表可能需要承担相应的个人责任，但这并不改变企业作为法人应承担的主要责任。
二、实际控制人责任角度
实际控制人的定义与责任：
- 实际控制人是指虽不是公司的股东，但通过投资关系、协议或者其他安排，能够实际支配公司行为的人。实际控制人可能对公司的经营决策、财务管理等产生重大影响。
- 根据相关法律法规，实际控制人如果利用其控制地位损害公司或其他股东利益，或者违反法律法规导致公司损失，可能需要承担相应的法律责任，包括民事赔偿、行政处罚甚至刑事责任。
实际控制人与法人责任的区分：
- 在企业发生问题时，如果问题是由实际控制人的违法行为或过错行为导致的，那么实际控制人可能需要承担比法人更重的法律责任。例如，如果实际控制人指使法人代表进行违法活动，或者利用法人身份进行欺诈等，实际控制人可能需要承担个人责任。
- 然而，如果问题是由企业自身的经营行为导致的，且实际控制人并未直接参与或指使，那么主要责任仍应由企业（法人）承担。
三、综合分析与建议
区分问题性质：
- 在处理企业发生的问题时，首先需要区分问题的性质。如果是企业自身的经营行为导致的，那么主要责任应由企业（法人）承担；如果是实际控制人的违法行为或过错行为导致的，那么实际控制人可能需要承担个人责任。
收集证据与调查：
- 为了确定责任主体，需要进行充分的证据收集和调查工作。这包括查阅企业章程、合同、财务记录等文件，以及询问相关人员等。通过这些工作，可以更准确地判断问题的原因和责任主体。
寻求法律帮助：
- 在处理复杂的企业法律问题时，建议寻求专业律师的帮助。律师可以根据具体情况提供法律意见和解决方案，帮助企业或个人维护自身权益。
举例说明：假设某企业因实际控制人的指使进行了违法活动，导致企业被罚款并需要赔偿第三方损失。在这种情况下，企业（法人）需要承担罚款和赔偿的民事责任，但实际控制人也可能因指使违法活动而承担个人责任，包括可能的刑事责任。
进一步思考：在实际操作中，企业员工担任法人时，应明确自身的职责和权限，避免在实际控制人的指使下进行违法活动。同时，企业也应建立健全的内部控制机制，防止实际控制人滥用控制权损害企业利益。如果遇到相关法律问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。