关于部门复函是否具有法律效力的问题，这主要取决于复函的性质、内容以及其产生的法律效果。以下是对此问题的详细解答：
首先，我们需要明确“部门复函”通常指的是政府部门或机构针对某一问题或请求给出的书面回复。这种回复可能是对某个具体问题的解答、对某项政策的解释，或者是对某个申请的审批结果等。
一、复函的法律效力基础
公函的正式性：如果复函是以公函的形式发出，且符合公文的格式和行文要求，那么它通常具有一定的正式性和权威性。公函作为政府部门或机构之间的正式通信方式，其内容往往被视为官方立场或解释。
复函内容的明确性：复函如果明确答复了某个问题或事项，且该答复内容具体、明确，没有歧义，那么它可能对相关方产生法律约束力。特别是当复函涉及对法律、法规、政策的解释或应用时，其法律效力可能更为显著。
二、复函法律效力的限制
非立法性文件：部门复函通常不是立法性文件，它们不直接创设、修改或废止法律。因此，复函的法律效力通常局限于对现有法律、法规、政策的解释或应用，而不是创造新的法律规则。
具体问题的解答：复函往往针对具体问题或事项给出答复，其法律效力可能仅限于该具体问题或事项。对于其他类似但不完全相同的问题或事项，复函可能不具有直接的法律约束力。
不替代正式法律程序：在某些情况下，即使部门给出了复函，相关方仍可能需要通过正式的法律程序（如行政诉讼、仲裁等）来解决争议或确认权利义务。复函不能替代这些正式的法律程序。
三、实际案例分析
以您提供的“部长信箱”案例为例，虽然部长信箱的回复可能对具体问题给出了官方解释，但法院在审理相关案件时，仍然会依据具体的法律条文来判断该回复是否具有法律效力，以及是否对相关方的权利义务产生了实际影响。在这个案例中，法院最终认定部长信箱的回复不属于行政诉讼的受案范围，因为它没有直接对相关方的权利义务产生实际影响。
四、结论
综上所述，部门复函的法律效力取决于其性质、内容以及其产生的法律效果。一般来说，如果复函是以公函形式发出、内容明确且针对具体问题或事项给出答复，那么它可能具有一定的法律效力。然而，这种法律效力通常局限于对现有法律、法规、政策的解释或应用，并且不能替代正式的法律程序。因此，在处理具体问题时，相关方应综合考虑复函的内容、性质以及相关法律法规的规定，以判断其法律效力并作出相应决策。