行政合同确实可以提起行政诉讼。以下是对这一问题的详细分析：

一、法律依据明确

根据《中华人民共和国行政诉讼法》第十二条第一款第十一项的规定，人民法院受理公民、法人或者其他组织提起的关于政府特许经营协议、土地房屋征收补偿协议等行政合同纠纷的诉讼。这一规定为行政合同纳入行政诉讼受案范围提供了明确的法律基础。这意味着，当公民、法人或其他组织认为行政机关在行政合同的订立、履行、变更或解除过程中存在不依法履行、未按照约定履行或违法变更、解除等情形时，他们有权依法向人民法院提起行政诉讼。

二、行政合同的特殊性决定其适用行政诉讼

行政合同是行政机关为实现行政管理目标而与公民、法人或其他组织签订的协议，兼具合同性与行政性。行政机关在合同签订、履行、变更、解除过程中享有行政优益权，如单方面变更或解除合同的权利，但这种权利的行使必须受到法律的严格限制，并需对相对方进行合理的补偿。由于行政合同的这种特殊性，使得行政合同纠纷不能简单通过民事诉讼解决，而需通过行政诉讼来监督行政机关的行为，保障相对人的合法权益。

三、争议性质决定诉讼类型

当行政合同争议的核心在于行政机关是否依法行使职权、遵守法定程序或是否存在滥用职权、显失公平等情况时，这类争议应被视为行政争议，适用行政诉讼程序。行政诉讼为当事人提供了公正、合法的平台，确保争议得到妥善解决。例如，在政府特许经营协议中，如果行政机关未经法定程序擅自变更或解除协议，给相对方造成损失的，相对方可以通过行政诉讼来维护自己的合法权益。

四、民事性质争议的处理方式

若行政合同中的争议主要围绕合同条款的解释、履行等民事性质问题，虽然这些争议在本质上仍属于合同纠纷，但由于其主体一方为行政机关，因此也可能涉及行政法的适用。不过，在这种情况下，当事人也可选择通过民事诉讼或其他途径解决争议。但需要注意的是，由于行政合同的特殊性，即使选择民事诉讼途径，也可能需要适用一些行政法的原则和规定。在实际操作中，选择哪种诉讼程序需根据具体案情和法律规定来决定，以确保当事人的合法权益得到有效保护。

五、实际操作建议

1. 明确争议性质：在提起诉讼前，应首先明确争议的性质是行政争议还是民事争议。这有助于确定适用的诉讼程序和法律依据。
2. 收集证据：无论是行政诉讼还是民事诉讼，证据都是关键。因此，在提起诉讼前，应尽可能收集与争议相关的证据材料，如合同文本、履行情况记录、沟通记录等。
3. 寻求专业帮助：由于行政合同纠纷的复杂性和特殊性，建议在提起诉讼前咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况提供针对性的法律建议和诉讼策略。

总结来说，行政合同确实可以提起行政诉讼。在处理行政合同纠纷时，应充分考虑行政合同的特殊性和复杂性，选择合适的诉讼程序或解决途径来维护自己的合法权益。如果您在行政合同方面遇到任何法律问题，可以直接向我咨询。