非医疗机构进行肠菌移植，通常是违法的。以下从几个方面为你详细分析：

一、法律法规层面

根据我国相关法律法规，医疗活动必须在依法取得相应资质的医疗机构内进行。肠菌移植作为一种医疗技术，涉及到人体健康和安全，其操作过程需要严格遵守医疗规范和标准。非医疗机构，如美容院、养生馆等，并不具备进行此类医疗活动的资质和条件，因此进行肠菌移植是违法的。

二、医疗安全层面

肠菌移植是一项复杂的医疗技术，需要专业的医疗团队、设备和环境来确保操作的安全性和有效性。非医疗机构往往缺乏这些必要的条件和保障，进行肠菌移植可能会给患者带来严重的健康风险，如感染、并发症等。这些风险不仅可能危及患者的生命安全，还可能引发医疗纠纷和法律责任。

三、法律责任层面

如果非医疗机构擅自进行肠菌移植，一旦发生医疗事故或纠纷，将面临严重的法律责任。根据《医疗事故处理条例》等相关法律法规，医疗机构和医务人员因违反医疗规范造成患者损害的，应当承担相应的赔偿责任。对于非医疗机构而言，由于其不具备医疗资质，其违法行为可能构成非法行医罪，相关责任人员还可能面临刑事处罚。

四、实际操作建议

1. 选择正规医疗机构：如果你需要进行肠菌移植或其他医疗活动，请务必选择依法取得相应资质的正规医疗机构。这些机构具备专业的医疗团队、设备和环境，能够为你提供安全、有效的医疗服务。
2. 了解医疗风险：在进行任何医疗活动之前，请充分了解其可能带来的风险和后果。与医务人员充分沟通，了解治疗方案、预期效果以及可能的风险和并发症等信息。
3. 维护自身权益：如果你在非医疗机构接受了肠菌移植或其他非法医疗活动，并因此遭受了损害，请及时向相关部门举报并寻求法律援助。你可以通过法律途径维护自己的合法权益，要求相关责任人员承担赔偿责任。

如果你在医疗纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业、全面的法律建议。