在合同与后续协议内容存在冲突时，究竟以哪个为准，需根据具体情况来判断。以下是从不同角度进行的分析：
协议性质与目的：
- 如果后续签订的协议是对原合同的补充、修改或细化，且双方明确约定以该协议为准，或者协议内容明显体现了双方对原合同条款的变更意图，那么通常应以该协议为准。例如，双方在原合同基础上，就价格、交付时间等关键条款进行了重新约定，并签署了补充协议，明确指出“本协议与原合同不一致之处，以本协议为准”，此时就应以补充协议为准。
- 如果协议只是就原合同的某些非关键性条款进行了进一步说明或确认，且没有改变原合同的主要内容和目的，那么可能不会影响原合同的效力，原合同的相关条款仍然有效。
时间顺序与最后意思表示：
- 从时间顺序上看，后签订的协议通常反映了双方最新的意思表示。在法律上，一般认为后签订的文件具有优先效力，因为它代表了双方在协商过程中的最新共识。所以，如果协议是在合同之后签订的，且没有违反法律法规的强制性规定，那么协议中的条款往往会被视为对原合同的更新或替代。
合同与协议的关联性：
- 如果合同与协议之间存在紧密的关联性，比如协议是合同的附件或者组成部分，那么它们应该被视为一个整体来理解和执行。在这种情况下，如果协议中的条款与合同中的条款存在冲突，需要综合考虑两者的整体意图和目的，以及双方在签订时的真实意思表示，来确定哪个条款应该被优先适用。
法律原则与规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人协商一致，可以变更合同。这意味着，如果双方通过签订协议的方式对原合同进行了变更，且这种变更是合法有效的，那么就应该以变更后的协议为准。
- 同时，法律也保护当事人的合法权益，如果协议中的条款存在显失公平、欺诈、胁迫等情形，导致一方当事人的权益受到损害，那么受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构变更或者撤销该协议。
建议：
- 在签订合同和协议时，务必明确各自的内容和目的，以及它们之间的关联性和优先级。可以在合同或协议中明确约定“本合同（协议）与之前签订的任何文件不一致之处，以本合同（协议）为准”等类似条款，以减少未来的纠纷和争议。
- 如果遇到合同与协议内容冲突的情况，建议及时咨询专业律师，以便根据具体情况制定合适的解决方案。
如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见。