在货物买卖合同纠纷中，若货物在运输过程中损坏，买家申请退款时卖家的损失由谁承担，这主要取决于合同约定、货物损坏的原因以及双方的责任划分。以下从不同角度为您详细分析：
合同有明确约定的情况：
- 如果买卖双方在合同中明确约定了货物在运输过程中的风险承担方式，比如约定由买家承担运输风险，那么即使货物在运输过程中损坏，买家也需要按照合同约定支付货款，卖家的损失（如果有的话，比如因货物损坏导致的额外处理成本等，但通常这部分损失会通过保险等方式转嫁）原则上不由买家承担，除非合同另有特别约定。反之，如果约定由卖家承担运输风险，则货物损坏导致的损失应由卖家自行承担，买家有权申请退款且无需承担卖家损失。
合同无明确约定，但货物损坏原因可查的情况：
- 因卖家原因导致货物损坏：如果货物损坏是由于卖家包装不当、选择运输方式不当或提供错误收货信息等原因造成的，那么卖家应承担货物损坏的责任，买家有权申请退款，且卖家需自行承担因此产生的损失。
- 因运输方原因导致货物损坏：如果货物损坏是由于运输方（如物流公司）在运输过程中的过失或故意行为造成的，那么根据《民法典》中关于运输合同的规定，运输方应承担赔偿责任。此时，买家仍可申请退款，而卖家在向买家退款后，有权向运输方追偿其因此遭受的损失。
- 因不可抗力或买家原因导致货物损坏：如果货物损坏是由于不可抗力（如自然灾害、战争等）或买家指定的收货地点、收货时间等不合理要求导致的，且卖家能够证明其已尽到合理注意义务和妥善保管义务的，那么卖家可能不承担货物损坏的责任。但在此情况下，买家申请退款是否成立，还需根据具体合同条款和法律规定来判断。如果买家仍坚持退款，且卖家同意，则卖家可能需自行承担部分或全部损失（如已支付的运费、保险费等），但这并非法律上的必然结果，而是双方协商的结果。
合同无明确约定，且货物损坏原因不明的情况：
- 在这种情况下，如果双方无法就货物损坏的责任达成一致意见，且没有证据表明货物损坏是由哪一方造成的，那么可能需要根据公平原则和交易习惯来推断责任归属。一般来说，如果货物在运输过程中损坏且无法确定具体原因，且卖家能够证明其已按照行业惯例和合同约定履行了发货义务的，那么买家申请退款时，卖家可能只需承担部分损失或无需承担损失（具体取决于法院或仲裁机构的裁决）。但这也并非绝对，因为每个案件的具体情况都不同。
建议：
- 对于卖家而言，在签订买卖合同时，应明确约定货物在运输过程中的风险承担方式、保险条款以及违约责任等关键条款，以减少因货物损坏而产生的纠纷和损失。
- 对于买家而言，在接收货物前应仔细检查货物是否完好无损，并在发现问题时及时与卖家沟通并保留相关证据（如照片、视频等），以便在需要时维护自己的合法权益。
- 如果双方无法就货物损坏的责任达成一致意见，建议及时咨询专业律师或通过法律途径解决纠纷。
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