关于代理机构竞争性磋商招标中，未中标公司的响应文件只有电子版是否合规的问题，这主要取决于招标文件的具体要求以及相关法律法规的规定。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

1. 招标文件的要求：

   • 在竞争性磋商招标过程中，招标文件通常会明确规定响应文件的提交形式、内容、份数等要求。如果招标文件明确要求响应文件必须同时提交电子版和纸质版，那么未中标公司仅提交电子版响应文件显然是不合规的。
   • 反之，如果招标文件并未明确要求提交纸质版响应文件，或者仅要求提交电子版响应文件，那么未中标公司仅提交电子版响应文件则是合规的。

2. 相关法律法规的规定：

   • 根据《中华人民共和国招标投标法》及其相关规定，响应文件是投标人参与招标活动的重要文件，其提交形式应当符合招标文件的要求。然而，该法律并未直接规定响应文件必须提交纸质版还是电子版，这通常留给招标文件来具体规定。
   • 在实际操作中，随着电子化招标的普及，许多招标项目都允许或要求投标人提交电子版响应文件。因此，是否合规还需结合具体的招标项目和招标文件来判断。

3. 合规性的实际判断：

   • 如果招标文件明确要求提交纸质版响应文件而未中标公司未提交，或者招标文件虽未明确要求但行业惯例或地方规定要求提交纸质版响应文件而未中标公司未遵守，那么未中标公司的行为可能被视为不合规。
   • 如果招标文件未明确要求提交纸质版响应文件，且未中标公司已按照招标文件要求提交了完整的电子版响应文件，那么其行为应被视为合规。

4. 建议与后续行动：

   • 对于未中标公司而言，如果其对响应文件的提交形式有疑问或不确定，最好在提交前与招标代理机构或招标人进行沟通确认，以确保其响应文件的提交形式符合招标文件的要求。
   • 如果未中标公司认为其响应文件的提交形式符合招标文件要求但招标人或招标代理机构认为不合规，未中标公司可以要求招标人或招标代理机构提供书面说明或依据，并根据情况考虑是否提出异议或投诉。

总结来说，未中标公司在竞争性磋商招标中仅提交电子版响应文件是否合规，取决于招标文件的具体要求以及相关法律法规的规定。如果招标文件未明确要求提交纸质版响应文件，且未中标公司已按照招标文件要求提交了完整的电子版响应文件，那么其行为应被视为合规。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。